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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】50金币求助，金属间界面和金属氧化物间界面模型怎么建立？
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xiaohunhun

木虫 (著名写手)

珊瑚岛混混,小元家老末

[交流] 【求助】50金币求助，金属间界面和金属氧化物间界面模型怎么建立？

用MS的窗口模型环境下怎么建界面模型啊（Cu/SiO2）5层铜5层SiO2, 还有一个是Cu/Ag也是各是5层。先都是100面吧，估计一个方向会了别的我也就都可以了，谢谢大家了，说的详细就发金币，总共50个，也可以站内短信息给我，最近要研究这个，但是建个模型就先把我难住了，老板开始催了，再不出工作就受不了了，只好散散金币求助，希望大家多多捧场，多多谢谢啦。


找了一下大致如下面的

[ Last edited by xiaohunhun on 2010-4-9 at 00:33 ]
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1.天天大脑风暴很重要。2.这个世界最可怕的不是很多人比你牛逼，而是比你牛逼的人还比你努力！3.If you don't run fast,you will get trampled
1楼2010-03-21 00:06:09
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ferretl

木虫 (正式写手)
xiaohunhun(金币+1):就是接的课题，从查文献开始的，组内全新的，所以麻烦啊，我找找文献，大家帮想想办法啊，不然我下次组会难过了 2010-03-21 01:08
xiaohunhun(金币+1): 2010-03-21 01:08
有点困难，你知道界面结构不？有参考文献吗？
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2楼2010-03-21 00:27:54
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★
xiaohunhun(金币+2):斑竹能说仔细一点么？对于界面我过年回家才开始调研，但是。。。都玩了，现在还没有入门，所以，而网上的Ms教程上都没有这个建模，所以请教大家，斑竹能帮我试一下然后写个详细一点的么？江湖救急啊。谢谢了。至于金币，相比较老板的压力我还是能给得起的，呵呵。 2010-03-21 12:22
ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-03-24 19:56
应该不难吧！
先建好晶胞，不行就用P1.
然后再一层层填原子。
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真理是一点点接近的！
3楼2010-03-21 12:17:42
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

叶落鹰飞
★ ★
xiaohunhun(金币+10):我先试试吧，还有就是怎么导出Ag的坐标啊？一个一个记录还是怎么着。呵呵，也希望别的同学能聊聊，帮支支招。谢谢大家 2010-03-21 13:59
qasd(金币+2):xiexie 2010-03-22 20:51
比较麻烦的办法就是先建立个晶胞，然后算出没个原子的位置，然后一个一个填。
简单点的方法就是，例如5层Cu和5层Ag,先建立好Cu和Ag，然后把Ag的原子坐标导出来。
把Cu向上建立真空，然后再添加Ag原子，只是要注意z方向的坐标。
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真理是一点点接近的！
4楼2010-03-21 13:43:33
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jeeanlee

木虫 (正式写手)
同问，期待高手详细解答。
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5楼2010-03-21 15:49:43
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jeeanlee

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
xiaohunhun(金币+5):大家合作愉快啊，互相学习啊，你金币怎么那么少啊？ 2010-03-21 16:49
qasd(金币+3):xiexie 2010-03-22 20:51
引用回帖:
Originally posted by gavinliu7390 at 2010-03-21 13:43:33:
比较麻烦的办法就是先建立个晶胞，然后算出没个原子的位置，然后一个一个填。
简单点的方法就是，例如5层Cu和5层Ag,先建立好Cu和Ag，然后把Ag的原子坐标导出来。
把Cu向上建立真空，然后再添加Ag原子，只是要注 ...

我是采用如下方法建模的，不知是否是正确的。
1.先import金属和化合物的完整晶格。
2.采用castep calculation对两种晶格进行几何优化。
3.对两种优化后的晶格进行cleave（厚度约10埃左右），取得特定晶面指数的表面。
4.对两种表面分别用spercell建立超晶格（U，V各10埃左右）。
5.使用build layers建立两种表面形成的界面，并对除界面上下两层（共四层）原子之外的其它所有原子固定。问题一：此时打开castep calculation，发现run按钮是灰色的，不可用，难道此时建立的界面不能进行运算吗？
6.看到论坛中有前辈指点说需要加入真空层，又用build crystal对上述界面加入了10埃真空层。
7.此时，对所建模型运行castep calculation的几何优化，选coarse，点选optimize cell，运行约二十分钟后提示failed。
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6楼2010-03-21 16:02:57
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jeeanlee

木虫 (正式写手)
这是运行failed之后的castep文件中的信息，请大家帮忙看看是怎么回事，仅仅是因为我在单机上运行，内存不够，还是有其它建模和计算参数配置方面的问题。
多谢了。
+-------------------------------------------------+
|                                                 |
|      CCC   AA    SSS  TTTTT  EEEEE  PPPP        |
|     C     A  A  S       T    E      P   P       |
|     C     AAAA   SS     T    EEE    PPPP        |
|     C     A  A     S    T    E      P           |
|      CCC  A  A  SSS     T    EEEEE  P           |
|                                                 |
+-------------------------------------------------+
|                                                 |
| Welcome to Materials Studio CASTEP version 4.3  |
| Ab Initio Total Energy Program                  |
|                                                 |
| Authors:                                        |
| M. Segall, M. Probert, C. Pickard, P. Hasnip,   |
| S. Clark, K. Refson, M. Payne                   |
|                                                 |
| Contributors:                                   |
| P. Lindan, P. Haynes, J. White, V. Milman,      |
| N. Govind, M. Gibson, P. Tulip, V. Cocula,      |
| B. Montanari, D. Quigley, M. Glover,            |
| L. Bernasconi, A. Perlov, M. Plummer            |
|                                                 |
| Copyright (c) 2000 - 2008                       |
|                                                 |
| Please cite                                     |
|                                                 |
|     "First principles methods using CASTEP"     |
|                                                 |
|         Zeitschrift fuer Kristallographie       |
|           220(5-6) pp. 567-570 (2005)           |
|                                                 |
| S. J. Clark, M. D. Segall, C. J. Pickard,       |
| P. J. Hasnip, M. J. Probert, K. Refson,         |
| M. C. Payne                                     |
|                                                 |
|       in all publications arising from          |
|              your use of CASTEP                 |
|                                                 |
+-------------------------------------------------+


This version was compiled for win32 on Mar 27 2008

License checkout of MS_castep successful


Pseudo atomic calculation performed for C 2s2 2p2

Converged in 17 iterations to a total energy of -145.6453 eV


Pseudo atomic calculation performed for Ti 3s2 3p6 3d2 4s2

Converged in 29 iterations to a total energy of -1594.9314 eV

Calculation parallelised over    1 nodes.
K-points are distributed over    1 groups, each containing    1 nodes.

************************************ Title ************************************
CASTEP calculation from Materials Studio

***************************** General Parameters ******************************
  
output verbosity                               : normal  (1)
write checkpoint data to                       : Layer.check
type of calculation                            : geometry optimization
stress calculation                             : on
density difference calculation                 : off
electron localisation func (ELF) calculation   : off
unlimited duration calculation
timing information                             : on
memory usage estimate                          : on
write final potential to formatted file        : off
write final density to formatted file          : off
  
output         length unit                     : A
output           mass unit                     : amu
output           time unit                     : ps
output         charge unit                     : e
output         energy unit                     : eV
output          force unit                     : eV/A
output       velocity unit                     : A/ps
output       pressure unit                     : GPa
output     inv_length unit                     : 1/A
output      frequency unit                     : cm-1
output force constant unit                     : eV/A**2
output         volume unit                     : A**3
output   IR intensity unit                     : (D/A)**2/amu
output         dipole unit                     : D
output         efield unit                     : eV/A/e
  
wavefunctions paging                           : none
random number generator seed                   : randomised (140448203)
data distribution                              : optimal for this architecture
optimization strategy                          : balance speed and memory

*********************** Exchange-Correlation Parameters ***********************
  
using functional                               : Perdew Burke Ernzerhof
Divergence correction                          : off

************************* Pseudopotential Parameters **************************
  
pseudopotential representation                 : reciprocal space
representation                      : reciprocal space

**************************** Basis Set Parameters *****************************
  
basis set accuracy                             : COARSE
plane wave basis set cut-off                   :   250.0000   eV
size of standard grid                          :     1.7500
finite basis set correction                    : automatic
number of sample energies                      :          3
           sample  spacing                      :     5.0000   eV

**************************** Electronic Parameters ****************************
  
number of  electrons                           :  720.0   
net charge of system                           :  0.000   
net spin   of system                           :  0.000   
number of  up  spins                           :  360.0   
number of down spins                           :  360.0   
treating system as non-spin-polarized
number of bands                                :        433

********************* Electronic Minimization Parameters **********************
  
Method: Treating system as metallic with density mixing treatment of electrons,
         and number of  SD  steps               :          1
         and number of  CG  steps               :          4
  
total energy / atom convergence tol.           : 0.1000E-04   eV
eigen-energy convergence tolerance             : 0.1000E-05   eV
max force / atom convergence tol.              : ignored
convergence tolerance window                   :          3   cycles
max. number of SCF cycles                      :        100
number of fixed-spin iterations                :         10
smearing scheme                                : Gaussian
smearing width                                 : 0.1000       eV
Fermi energy convergence tolerance             : 0.1000E-06   eV

************************** Density Mixing Parameters **************************
  
density-mixing scheme                          : Pulay
max. length of mixing history                  :         20
charge density mixing amplitude                : 0.5000   
charge density mixing g-vector                 :  1.500       1/A

********************** Geometry Optimization Parameters ***********************
  
optimization method                            : BFGS
variable cell method                           : fixed basis quality
max. number of steps                           :        100
estimated bulk modulus                         :  500.0       GPa
estimated                           :  1668.       cm-1
line minimiser tolerance                       :     0.4000
total energy convergence tolerance             : 0.5000E-04   eV/atom
        max ionic |force| tolerance             : 0.1000       eV/A
max ionic |displacement| tolerance             : 0.5000E-02   A
   max |stress component| tolerance             : 0.2000       GPa
convergence tolerance window                   :          2   steps
backup results every                           :          5   steps

*******************************************************************************
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7楼2010-03-21 16:13:48
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jeeanlee

木虫 (正式写手)
一次没粘贴完，这是后办部分



                           -------------------------------
                                      Unit Cell
                           -------------------------------
        Real Lattice(A)                      Reciprocal Lattice(1/A)
   8.0468147  -4.6458307   0.0000000        0.7808289   0.0000000   0.0000000
   0.0000000   9.2916613   0.0000000        0.3904144   0.6762176   0.0000000
   0.0000000   0.0000000  28.8632590        0.0000000   0.0000000   0.2176880

                       Lattice parameters(A)       Cell Angles
                    a =    9.291661          alpha =   90.000000
                    b =    9.291661          beta  =   90.000000
                    c =   28.863259          gamma =  120.000000

                       Current cell volume = 2158.056147       A**3

                           -------------------------------
                                     Cell Contents
                           -------------------------------
                         Total number of ions in cell =   72
                      Total number of species in cell =    2
                        Max number of any one species =   54

            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
            x  Element    Atom        Fractional coordinates of atoms  x
            x            Number           u          v          w      x
            x----------------------------------------------------------x
            x  C            1         0.000000   0.000000   0.478308   x
            x  C            2         0.111111   0.888889   0.390692   x
            x  C            3         0.333333   0.000000   0.478308   x
            x  C            4         0.444444   0.888889   0.390692   x
            x  C            5         0.666667   0.000000   0.478308   x
            x  C            6         0.777778   0.888889   0.390692   x
            x  C            7         0.000000   0.666667   0.478308   x
            x  C            8         0.111111   0.555556   0.390692   x
            x  C            9         0.333333   0.666667   0.478308   x
            x  C           10         0.444444   0.555556   0.390692   x
            x  C           11         0.666667   0.666667   0.478308   x
            x  C           12         0.777778   0.555556   0.390692   x
            x  C           13         0.000000   0.333333   0.478308   x
            x  C           14         0.111111   0.222222   0.390692   x
            x  C           15         0.333333   0.333333   0.478308   x
            x  C           16         0.444444   0.222222   0.390692   x
            x  C           17         0.666667   0.333333   0.478308   x
            x  C           18         0.777778   0.222222   0.390692   x
            x  Ti           1         0.111111   0.111111   0.000000   x
            x  Ti           2         0.111111   0.111111   0.163350   x
            x  Ti           3         0.222222   0.222222   0.081675   x
            x  Ti           4         0.222222   0.222222   0.245025   x
            x  Ti           5         0.444444   0.111111   0.000000   x
            x  Ti           6         0.444444   0.111111   0.163350   x
            x  Ti           7         0.555556   0.222222   0.081675   x
            x  Ti           8         0.555556   0.222222   0.245025   x
            x  Ti           9         0.777778   0.111111   0.000000   x
            x  Ti          10         0.777778   0.111111   0.163350   x
            x  Ti          11         0.888889   0.222222   0.081675   x
            x  Ti          12         0.888889   0.222222   0.245025   x
            x  Ti          13         0.111111   0.444444   0.000000   x
            x  Ti          14         0.111111   0.444444   0.163350   x
            x  Ti          15         0.222222   0.555556   0.081675   x
            x  Ti          16         0.222222   0.555556   0.245025   x
            x  Ti          17         0.444444   0.444444   0.000000   x
            x  Ti          18         0.444444   0.444444   0.163350   x
            x  Ti          19         0.555556   0.555556   0.081675   x
            x  Ti          20         0.555556   0.555556   0.245025   x
            x  Ti          21         0.777778   0.444444   0.000000   x
            x  Ti          22         0.777778   0.444444   0.163350   x
            x  Ti          23         0.888889   0.555556   0.081675   x
            x  Ti          24         0.888889   0.555556   0.245025   x
            x  Ti          25         0.111111   0.777778   0.000000   x
            x  Ti          26         0.111111   0.777778   0.163350   x
            x  Ti          27         0.222222   0.888889   0.081675   x
            x  Ti          28         0.222222   0.888889   0.245025   x
            x  Ti          29         0.444444   0.777778   0.000000   x
            x  Ti          30         0.444444   0.777778   0.163350   x
            x  Ti          31         0.555556   0.888889   0.081675   x
            x  Ti          32         0.555556   0.888889   0.245025   x
            x  Ti          33         0.777778   0.777778   0.000000   x
            x  Ti          34         0.777778   0.777778   0.163350   x
            x  Ti          35         0.888889   0.888889   0.081675   x
            x  Ti          36         0.888889   0.888889   0.245025   x
            x  Ti          37         0.000000   1.000000   0.346884   x
            x  Ti          38         0.222222   0.777778   0.434500   x
            x  Ti          39         0.333333   1.000000   0.346884   x
            x  Ti          40         0.555556   0.777778   0.434500   x
            x  Ti          41         0.666667   1.000000   0.346884   x
            x  Ti          42         0.888889   0.777778   0.434500   x
            x  Ti          43         0.000000   0.666667   0.346884   x
            x  Ti          44         0.222222   0.444444   0.434500   x
            x  Ti          45         0.333333   0.666667   0.346884   x
            x  Ti          46         0.555556   0.444444   0.434500   x
            x  Ti          47         0.666667   0.666667   0.346884   x
            x  Ti          48         0.888889   0.444444   0.434500   x
            x  Ti          49         0.000000   0.333333   0.346884   x
            x  Ti          50         0.222222   0.111111   0.434500   x
            x  Ti          51         0.333333   0.333333   0.346884   x
            x  Ti          52         0.555556   0.111111   0.434500   x
            x  Ti          53         0.666667   0.333333   0.346884   x
            x  Ti          54         0.888889   0.111111   0.434500   x
            xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx


                         No user defined ionic velocities

                           -------------------------------
                                   Details of Species
                           -------------------------------

                               Mass of species in AMU
                                    C   12.0109997
                                    Ti   47.9000015

                          Electric Quadrupole Moment (Barn)
                                    C    1.0000000 No Isotope Defined
                                    Ti    0.2900000 Isotope 47

                          Files used for pseudopotentials:
                                    C C_00PBE.usp
                                    Ti Ti_00PBE.usp

                           -------------------------------
                              k-Points For BZ Sampling
                           -------------------------------
                       MP grid size for SCF calculation is  2  2  1
                         Number of kpoints used =           2

             +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
             +  Number       Fractional coordinates        Weight  +
             +-----------------------------------------------------+
             +     1   0.250000   0.250000   0.000000   0.5000000  +
             +     2   0.250000  -0.250000   0.000000   0.5000000  +
             +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

                           -------------------------------
                               Symmetry and Constraints
                           -------------------------------

         There are no symmetry operations specified or generated for this cell
         There are no ionic constraints specified or generated for this cell

                        Centre of mass is NOT constrained

                         Number of cell constraints= 0
                         Cell constraints are:  1 2 3 4 5 6

                         External pressure/stress (GPa)
                          0.00000   0.00000   0.00000
                                    0.00000   0.00000
                                              0.00000
  
+---------------- MEMORY AND SCRATCH DISK ESTIMATES PER NODE -----------------+
|                                                     Memory          Disk    |
| Model and support data                              680.4 MB       431.8 MB |
| Electronic energy minimisation requirements         603.5 MB       256.1 MB |
|                                               ----------------------------- |
| Approx. total storage required per node            1283.9 MB       687.9 MB |
|                                                                             |
| Requirements will fluctuate during execution and may exceed these estimates |
+-----------------------------------------------------------------------------+
Calculating finite basis set correction with  3 cut-off energies.
Calculating total energy with cut-off of  240.000eV.
Out of RAM for wvfn_temp in nlpot_apply_nkns
Current trace stack:
ly_H_wv
electronic_minimisation
calculate_fnlpot_apply_nkns
electronic_apply_H_recip_wv
electronic_appinite_basis_corr
check_elec_ground_state
castep
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8楼2010-03-21 16:14:34
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shrek826

金虫 (小有名气)
★
ice_rain(金币+1):xiexie~ 2010-03-24 19:57
Out of RAM for wvfn_temp in nlpot_apply_nkns
主要是因为内存不够
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9楼2010-03-21 18:41:55
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xiaohunhun

木虫 (著名写手)

珊瑚岛混混,小元家老末
我觉得不是内存不够，我试了一下，就是没有那个框啊，不是周期性结构，Castep没有办法计算啊
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1.天天大脑风暴很重要。2.这个世界最可怕的不是很多人比你牛逼，而是比你牛逼的人还比你努力！3.If you don't run fast,you will get trampled
10楼2010-03-21 21:31:46
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