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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】50金币求助，金属间界面和金属氧化物间界面模型怎么建立？
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liang7035

金虫 (正式写手)
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by jeeanlee at 2010-03-21 16:02:57:


我是采用如下方法建模的，不知是否是正确的。
1.先import金属和化合物的完整晶格。
2.采用castep calculation对两种晶格进行几何优化。
3.对两种优化后的晶格进行cleave（厚度约10埃左右），取得特定晶面指 ...

我和你方法，很相似，我只建金属镍的，我以前也是导入ms库中的，但是进行优化时会出现3D Atomistic Energies 3D Atomistic Convergence 我出现这两个图像，看图像的曲线不是很标准，我就开自己建，效果稍微好些，拿优化好的晶胞。切面，建真空层10-15埃，top 1.5-2  depth 2.5 或3或4都试验过，建完对其优化，要选择 optimize cell 几乎就没成功过，我还没固定层呢，能running，算2天后还是失败，不知道是怎么回事啊？请高手给指点指点，不胜感激！
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一个一心向上的人整个世界都会给他让路！
21楼2010-03-27 19:55:46
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wangyb4142

金虫 (正式写手)
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢参与
xiaohunhun(金币+5):是的，是有不少都不明白，之前只用过MS，基础还是比较薄弱的，但是单纯用MS的建模都不是很让我满意。或者经不起推敲欢迎您不吝赐教。 2010-03-27 21:23
xiaohunhun(金币+1):就是不会，才会花这么多的金币啊，我已经投进去近一百金币了 2010-03-27 21:48
貌似楼主很计算多基础知识都不懂啊...前面所说方法是正确的
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22楼2010-03-27 20:40:55
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jeeanlee

木虫 (正式写手)

关于加入真空层的原因

xiaohunhun(金币+1):谢谢啊 2010-03-27 21:49
今天看到了西北工大，任华的论文中关于Build Layers建模时加入真空层的解释，特此与大家交流共享。下面是该论文中的原文：
“2.1模拟过程采用的模型
本课题尝试用分子模拟来研究环己酮一甲醛树脂增容剂及其改性物的溶解
性、与其他树脂的相容性以及附着性能等性质，因此需要采用合适的模型，使分
子间微观相互作用与这些宏观性质相联系，针对这一目的，我们采用“随机无序
分子团簇模型”;而对于增容剂的附着性能，以及高分子阻垢剂与晶体间的相互
作用，“双层结构模型”最为合适。这两类模型几乎涵盖了有机一有机界面相互作
用和有机一无机界面相互作用的大部分情形，下面将对这两种模型在Material
Studio平台上的实现、参数选择和设定等技术细节进行详细介绍。
2.1.1双层结构模型
双层结构模型顾名思义，由两层组合而成，一般上面一层为可移动层，如涂
层、胶粘剂或添加剂，这一层在模拟过程中会随时间的推移按照某一设定的初始
速度和外界力的作用运动，直到受力平衡而达到平衡状态;下面一层为固定层，
如金属、金属氧化物、高分子材料或有机、无机晶体的一个表面等，这一层在模
拟前需要进行能量和几何构型的优化，然后在模拟过程中保持位置和空间构型的
固定。双层结构模型示意图如图2一la所示，然而，在分子模拟过程中，特别是
分子力学和分子动力学模拟过程中，为了用埃或纳米尺度的单元来模拟宏观物
体，常引入周期性边界条件 (periodicalconditinn)，在周期性边界条件下双层结
构将在三维空间中无限重复出现，这就产生一个问题，移动层的上方将出现另外
的固定层，在模拟过程中对移动层产生影响，而使模拟过程产生偏差，甚至错误，
因为我们希望移动层只受其下方的固定层的影响，而不与其它外部环境发生相互
作用，正基于此，需要在移动层上方再引入一足够厚度的真空层，以避免周期性
边界条件的影响。
2.1.1.1双层结构的构建过程
对于晶体结构，可以根据文献或实验数据，用MS的Bulld>Crystals>Build
crystal命令来构建晶胞结构，如果有现成的晶胞结构可以直接导入;然后使用
MS的Bulld>Surfaces >Cleave surface命令来截取要研究的晶面，在此之前，晶
胞的结构优化是必需的。平面截取之后需要将下层原子固定，而将表面原子进行
能量最优化，从而得到后续研究所需的合理表面结构，然后用
Bulld>Symmetry>Supercell命令来构建成合适大小的超晶胞，最后用
Build >crystals>Build Vacuum slab命令来将二维表面构建为三维结构，到此，
晶体表面的单层结构构建完成。

构建过程需要注意，一般先构建下层固定层，然后根据下层的尺寸，构建尺
寸与之相匹配的上层可移动层。
将构建好的上层结构和下层结构使用Ms的Bulld >Bulldlayers命令来构建
成双层结构，在构建时在上层的上方预留足够深度的真空层。”

以上文字引自西北工大任华学位论文，特此说明并致谢！
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23楼2010-03-27 20:46:52
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kugou521

木虫 (正式写手)
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢参与
貌似小木虫上已经有好几个帖子讨论这个问题了，请搜索下即可
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24楼2010-03-27 22:07:30
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guifan
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢参与
xiaohunhun(金币+1):感谢围观顶贴 2010-03-28 15:11
再顶一下
25楼2010-03-28 13:51:26
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by xiaohunhun at 2010-03-27 09:15:28:
这个是我昨天建的

真空层是必要的吧，当真空层的厚度大到一定程度（这个需要测试，比如真空层厚度为15埃），那么层和层之间的相互影响就就可以忽略不计了，就可以认为这层和层之间没有相互影响。

[ Last edited by uuv2010 on 2010-3-28 at 16:45 ]
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26楼2010-03-28 16:42:44
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ustbwgs
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢参与
27楼2010-12-02 16:14:18
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franch

版主 (著名写手)
★
xiaohunhun(金币+1):谢谢参与
说了一堆，，，就是说上下两面都要加真空层。。       我的理解
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遇弱则弱
28楼2011-04-30 22:31:31
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为我刀斩

银虫 (初入文坛)
★
xiaohunhun(金币+1): 谢谢参与
将构建好的上层结构和下层结构使用
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学无止境
29楼2012-10-11 19:14:19
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onebeing

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
xiaohunhun(金币+1): 谢谢参与
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流 2013-10-21 20:37:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by jeeanlee at 2010-03-21 16:14:34
一次没粘贴完，这是后办部分



                           -------------------------------
                                      Unit Cell
                           ----------------------------- ...

建出来的超胞，原子数太多，内存不够就会算不出来的。
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justdoit!
30楼2013-10-20 17:25:26
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