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gancs7894金虫 (著名写手)
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[交流]
【求助】有关Molegro Virtual Docker软件
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请教有关Molegro Virtual Docker软件，不知有没有虫友用过，感觉没有Autodock、Dock等正规，文献中也很少见， 但貌似使用起来比较简单，容易学，不知写在论文里，能不能被认可？结果是否可信？ 本人是做药物合成的，合成了系列的化合物，已测出结合力了。需要做一些理论分析，即为什么要选这类结构，哪些化合物靶点结合会比较好，用计算算下，跟实验比较，证明设计合理，提高一下论文的水平。 另外，目前我的方法是：先直接输入查到的蛋白晶体结构，然后输入优化后的小分子，最后对接。 小分子优化：我用chem3D，上面能量最小化有MM2, Gamess, Gaussian, Mechanics, MOPAC等，不知该选哪种？参数设定有没有讲究。还有什么优化小分子的方法，各位指教。 对接：我全部使用的是其中的默认设置，还有就是，计算的结果中该看哪个值，最能说明靶点结合力的强弱。 |
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