24小时热门版块排行榜    

查看: 909  |  回复: 3
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 gancs7894 的 10 个金币

gancs7894

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】有关Molegro Virtual Docker软件

请教有关Molegro Virtual Docker软件,不知有没有虫友用过,感觉没有Autodock、Dock等正规,文献中也很少见,
但貌似使用起来比较简单,容易学,不知写在论文里,能不能被认可?结果是否可信?
本人是做药物合成的,合成了系列的化合物,已测出结合力了。需要做一些理论分析,即为什么要选这类结构,哪些化合物靶点结合会比较好,用计算算下,跟实验比较,证明设计合理,提高一下论文的水平。

另外,目前我的方法是:先直接输入查到的蛋白晶体结构,然后输入优化后的小分子,最后对接。
小分子优化:我用chem3D,上面能量最小化有MM2, Gamess, Gaussian, Mechanics, MOPAC等,不知该选哪种?参数设定有没有讲究。还有什么优化小分子的方法,各位指教。
对接:我全部使用的是其中的默认设置,还有就是,计算的结果中该看哪个值,最能说明靶点结合力的强弱。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

克罗米虎

金虫 (小有名气)

★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-17 16:42
貌似是收费的吧~他自己宣传他对接很准,不太了解~
专业的计算模拟服务:http://www.wecomput.com
2楼2010-03-17 14:03:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gancs7894

金虫 (著名写手)

网上可以下载到破解版的,我用起来感觉比较容易上手

感觉autodock太难了,一时学不会
3楼2010-03-17 18:28:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhengaj

木虫 (小有名气)

★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-17 22:21
首先得考虑你所用软件是否有版权,如果没有,即便容易学,你也不能将计算结果写到文章里去。AutoDock虽然难一些,不过没有版权的限制,应该值得的。当然还有一款中国台湾的分子对接软件值得试一试:iGemdock。
4楼2010-03-17 20:50:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gancs7894 的主题更新
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:32 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:59 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:54 by Z7qfCsdIiD1T
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:21 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:13 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 00:59 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:51 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 4/200 2026-11-10 20:07 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:02 by qL1cU46YIdK0
信息提示
请填处理意见