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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】SURFLEX-Dock打分函数
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】SURFLEX-Dock打分函数 已有3人参与

请问在用SURFLEX-Dock对接的时候，产生20个构象，将这些构象的得分平均之后用于讨论是否合理？还是只能选择得分最优的那个构象进行讨论？十分感谢。
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1楼 2010-03-16 13:22:47
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by jbolid at 2010-04-04 17:23:02:


很赞同2楼的说法，另外有些时候你也可以根据自己的需要选择打分函数，total_score并不是都好的。
给你一篇参考文献：
Structure-based Rational Screening of Novel Hit Compounds with Structural Diversi ...

嗯，这篇文献不错。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
9楼2010-04-04 17:42:05
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-16 14:08
lifei_dut(金币+1): 2010-03-16 15:04
如果是虚拟筛选的话，一般只考虑最高分构象；如果是专门预测结合模式，最好将20个构象都看一下，按照结合模式分类，构象最多的那一类较为可能
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2楼2010-03-16 14:07:08
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lifei_dut

金虫 (小有名气)
那么就是要将得分进行平均么？那么最终如何选择那个构象进行下一步的研究呢？
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3楼2010-03-16 15:05:26
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-16 16:33
lifei_dut(金币+1): 2010-03-17 11:41
也不是将得分进行平均。我一般是这样做：将对接构象进行聚类，每一类挑出最高分构象进行下一步研究
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-03-16 16:31:05
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