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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】SURFLEX-Dock打分函数已有3人参与

请问在用SURFLEX-Dock对接的时候,产生20个构象,将这些构象的得分平均之后用于讨论是否合理?还是只能选择得分最优的那个构象进行讨论?十分感谢。
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by jbolid at 2010-04-04 17:23:02:


很赞同2楼的说法,另外有些时候你也可以根据自己的需要选择打分函数,total_score并不是都好的。
给你一篇参考文献:
Structure-based Rational Screening of Novel Hit Compounds with Structural Diversi ...

嗯,这篇文献不错。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
9楼2010-04-04 17:42:05
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hug_wind

新虫 (初入文坛)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-16 14:08
lifei_dut(金币+1): 2010-03-16 15:04
如果是虚拟筛选的话,一般只考虑最高分构象;如果是专门预测结合模式,最好将20个构象都看一下,按照结合模式分类,构象最多的那一类较为可能
2楼2010-03-16 14:07:08
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

那么就是要将得分进行平均么?那么最终如何选择那个构象进行下一步的研究呢?
3楼2010-03-16 15:05:26
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hug_wind

新虫 (初入文坛)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-16 16:33
lifei_dut(金币+1): 2010-03-17 11:41
也不是将得分进行平均。我一般是这样做:将对接构象进行聚类,每一类挑出最高分构象进行下一步研究
4楼2010-03-16 16:31:05
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