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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】SURFLEX-Dock打分函数
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lifei_dut

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】SURFLEX-Dock打分函数 已有3人参与

请问在用SURFLEX-Dock对接的时候，产生20个构象，将这些构象的得分平均之后用于讨论是否合理？还是只能选择得分最优的那个构象进行讨论？十分感谢。
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1楼 2010-03-16 13:22:47
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-16 14:08
lifei_dut(金币+1): 2010-03-16 15:04
如果是虚拟筛选的话，一般只考虑最高分构象；如果是专门预测结合模式，最好将20个构象都看一下，按照结合模式分类，构象最多的那一类较为可能
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2楼2010-03-16 14:07:08
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lifei_dut

金虫 (小有名气)
那么就是要将得分进行平均么？那么最终如何选择那个构象进行下一步的研究呢？
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3楼2010-03-16 15:05:26
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-16 16:33
lifei_dut(金币+1): 2010-03-17 11:41
也不是将得分进行平均。我一般是这样做：将对接构象进行聚类，每一类挑出最高分构象进行下一步研究
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4楼2010-03-16 16:31:05
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-17 16:42
如果是一个位点的对接我觉得就用得分最高的那个构象吧,当然这个构象的POLAR和CRASH项的得分要合理.
然后如果是处理整个蛋白或者多个位点的话就进行聚类取每类最好构象,AUTODOCK采用这种方法好像更多些.
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5楼2010-03-17 14:08:11
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lifei_dut

金虫 (小有名气)
请问一般采用SURFLEX-Dock的时候，得分多少分算结构是合理的呢？
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6楼2010-03-18 13:19:08
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mike0601

木虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-04 11:32
按照教程的说法，得分大于4分就可以了
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7楼2010-04-04 10:39:02
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jbolid

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-04 19:07
引用回帖:
Originally posted by hug_wind at 2010-03-16 14:07:08:
如果是虚拟筛选的话，一般只考虑最高分构象；如果是专门预测结合模式，最好将20个构象都看一下，按照结合模式分类，构象最多的那一类较为可能

很赞同2楼的说法，另外有些时候你也可以根据自己的需要选择打分函数，total_score并不是都好的。
给你一篇参考文献：
Structure-based Rational Screening of Novel Hit Compounds with Structural Diversity for Cytochrome P450 Sterol 14a-demethylase from Penicillium digitatum, J. Chem. Inf. Model., 2010, 50, 317-325.
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8楼2010-04-04 17:23:02
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by jbolid at 2010-04-04 17:23:02:


很赞同2楼的说法，另外有些时候你也可以根据自己的需要选择打分函数，total_score并不是都好的。
给你一篇参考文献：
Structure-based Rational Screening of Novel Hit Compounds with Structural Diversi ...

嗯，这篇文献不错。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
9楼2010-04-04 17:42:05
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