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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】如何跨内含子设计引物（只有mRNA）
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】如何跨内含子设计引物（只有mRNA）

我现在克隆获得了对虾的某个基因的全序列，想设计taqman探针和引物，进行RT real-time PCR对mRNA进行定量，听说需要跨内含子设计引物，但是对虾是没有进行全基因组测序的，相关生物也没有，我如何能查到内含子？或者如何知道内含子的位点？请高手指教，谢谢！
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1楼 2010-03-15 16:15:06
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song333

金虫 (小有名气)
★ ★
amisking(金币+2): 2010-03-16 12:34
yujiaping1(金币+2):就是消化掉DNA就可以了吗？control怎么回事？英语不太好，没看懂 2010-03-16 13:13
if you set a control to rule out the contamination of genomic DNA, it not necessary to design primers spanning intron.
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2楼2010-03-16 10:27:29
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434744419

金虫 (小有名气)
yujiaping1(金币+1):不是不明白control，是说你做什么control，没懂 2010-03-16 19:39
control 是对照  看来外文资料看的太多啊 ！
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3楼2010-03-16 17:23:36
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434744419

金虫 (小有名气)
yujiaping1(金币+1): 2010-03-16 19:38
用试剂盒提RNA就可以啊 ！里面有酶可以去除DNA
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4楼2010-03-16 17:35:21
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 434744419 at 2010-03-16 17:35:21:
用试剂盒提RNA就可以啊 ！里面有酶可以去除DNA

但是mRNA的前体，我觉得还是会有一定的影响，不过看来想跨内含子设计引物，基本上无法实现
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5楼2010-03-16 19:39:02
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song333

金虫 (小有名气)
yujiaping1(金币+1):谢谢，明白了 2010-03-17 11:08
about control:

the same sample you can divide it into two parts: one treat with reverse transcriptase, one treat without transcriptase, then do PCR side by side.  

If the sample without transcriptase treatment has the positive band, you got genomic DNA contamination.  If not, you are in good shape.
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6楼2010-03-17 10:58:08
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cascc

铜虫 (小有名气)
其实就是你设计一对引物，扩下基因组DNA，之后呢在用这个引物扩下mRNA。这样两个条带如果有差异就是内含子啊，可以测序比对就找到了内含子的序列和位置了。
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7楼2010-03-17 20:41:09
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