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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】castep的脚本文件
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dongdong3881

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】castep的脚本文件

我用castep提交任务时，服务器(在linux下运行)那边只有一个节点在运算并不是2个节点并行，这是怎么回事，请好心人帮忙解决一下。是脚本问题吗。下面我把我使用的脚本文件列出来，还请高手帮忙指点迷津
#!/bin/sh
#################################################################
#PBS -N castep

#PBS -d /lustre/ISSP1/gdliu/WC

#PBS -o /lustre/ISSP1/gdliu/WC

#PBS -e /lustre/ISSP1/gdliu/WC

#PBS -l nodes=2:ppn=8

#PBS -l walltime=96:00:00

#PBS -l mem=

#PBS -q paraque

#PBS -V

filesurname=WC
EXEC="/opt/issp1/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh"

################################################################
MY_MPI_TYPE=hpmpi
MY_MPI_HOME=/opt/hpmpi
APP_NAME=score
RUN="RAW"
CURDIR=`pwd`

#set environment for Castep
export MS=/opt/issp2/Accelrys
export MS_INSTALL_ROOT=$MS/MaterialsStudio44
export MSI_LIC_PACK_DIR=$MS/LicensePack
export MSI_LICENSE_FILE=$MSI_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS/LicensePack/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib
export mymachine=$CURDIR/nodelist
export PATH=/opt/issp2/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin:$PATH
#environment done

NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | wc -l`

cat $PBS_NODEFILE > $CURDIR/nodelist
sed -i s/$/-ib/ $CURDIR/nodelist


$EXEC -np $NP $filesurname

rm -f $CURDIR/nodelist

[ Last edited by dongdong3881 on 2010-3-5 at 09:18 ]
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好好自己好好学习
1楼 2010-03-05 09:05:45
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dongdong3881

木虫 (正式写手)
问题已经解决 请版主返还我金币
赞一下 回复此楼
好好自己好好学习
4楼2010-03-16 21:55:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

shrek826

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
ice_rain(金币+5):谢谢指导 2010-03-06 10:12
首先，这一行有笔误，DMOL3_DATA应为CASTEP_DATA
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep

其次，建议不要使用RunCASTEP.sh，而使用castepexe_mpi.exe
下面的脚本是我用的，可以多个节点并行，你可以尝试一下，注意修改一下路径
最后那个-ibv参数也可以不要，除非你有ib模块
job=Ag

cd $PBS_O_WORKDIR
rm -f .machine

for NODE in `cat $PBS_NODEFILE`
do
   echo "-h $NODE -np 1 /home/msi5.0/Accelrys/MaterialsStudio50/bin/castepexe_mpi.exe $job" >> .machine
done

/opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -f .machine
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-03-05 09:50:25
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dongdong3881

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by shrek826 at 2010-03-05 09:50:25:
首先，这一行有笔误，DMOL3_DATA应为CASTEP_DATA
export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep

其次，建议不要使用RunCASTEP.sh，而使用castepexe_mpi.exe
下面的脚本是我用的，可以 ...

照您这样修改好脚本后，我这个并行的问题就能解决了是吧 我先试试
多谢您的关注
赞一下 回复此楼
好好自己好好学习
3楼2010-03-05 11:10:21
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luyongan

木虫 (小有名气)

Castep 的并行效率

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by awmc2008 at 2010-03-17 10:19:42:
学习学习

Castep 的并行效率如何？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-03-19 08:15:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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