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dongdong3881木虫 (正式写手)
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【求助】castep的脚本文件
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我用castep提交任务时，服务器(在linux下运行)那边只有一个节点在运算并不是2个节点并行，这是怎么回事，请好心人帮忙解决一下。是脚本问题吗。下面我把我使用的脚本文件列出来，还请高手帮忙指点迷津 #!/bin/sh ################################################################# #PBS -N castep #PBS -d /lustre/ISSP1/gdliu/WC #PBS -o /lustre/ISSP1/gdliu/WC #PBS -e /lustre/ISSP1/gdliu/WC #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=96:00:00 #PBS -l mem= #PBS -q paraque #PBS -V filesurname=WC EXEC="/opt/issp1/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh" ################################################################ MY_MPI_TYPE=hpmpi MY_MPI_HOME=/opt/hpmpi APP_NAME=score RUN="RAW" CURDIR=`pwd` #set environment for Castep export MS=/opt/issp2/Accelrys export MS_INSTALL_ROOT=$MS/MaterialsStudio44 export MSI_LIC_PACK_DIR=$MS/LicensePack export MSI_LICENSE_FILE=$MSI_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS/LicensePack/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export mymachine=$CURDIR/nodelist export PATH=/opt/issp2/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin:$PATH #environment done NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | wc -l` cat $PBS_NODEFILE > $CURDIR/nodelist sed -i s/$/-ib/ $CURDIR/nodelist $EXEC -np $NP $filesurname rm -f $CURDIR/nodelist [ Last edited by dongdong3881 on 2010-3-5 at 09:18 ] |
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ice_rain(金币+5):谢谢指导 2010-03-06 10:12
ice_rain(金币+5):谢谢指导 2010-03-06 10:12
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首先，这一行有笔误，DMOL3_DATA应为CASTEP_DATA export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep 其次，建议不要使用RunCASTEP.sh，而使用castepexe_mpi.exe 下面的脚本是我用的，可以多个节点并行，你可以尝试一下，注意修改一下路径 最后那个-ibv参数也可以不要，除非你有ib模块 job=Ag cd $PBS_O_WORKDIR rm -f .machine for NODE in `cat $PBS_NODEFILE` do echo "-h $NODE -np 1 /home/msi5.0/Accelrys/MaterialsStudio50/bin/castepexe_mpi.exe $job" >> .machine done /opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -f .machine |
2楼2010-03-05 09:50:25
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