| 查看: 1002 | 回复: 7 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
dongdong3881木虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】castep的脚本文件
|
||
|
我用castep提交任务时，服务器(在linux下运行)那边只有一个节点在运算并不是2个节点并行，这是怎么回事，请好心人帮忙解决一下。是脚本问题吗。下面我把我使用的脚本文件列出来，还请高手帮忙指点迷津 #!/bin/sh ################################################################# #PBS -N castep #PBS -d /lustre/ISSP1/gdliu/WC #PBS -o /lustre/ISSP1/gdliu/WC #PBS -e /lustre/ISSP1/gdliu/WC #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=96:00:00 #PBS -l mem= #PBS -q paraque #PBS -V filesurname=WC EXEC="/opt/issp1/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh" ################################################################ MY_MPI_TYPE=hpmpi MY_MPI_HOME=/opt/hpmpi APP_NAME=score RUN="RAW" CURDIR=`pwd` #set environment for Castep export MS=/opt/issp2/Accelrys export MS_INSTALL_ROOT=$MS/MaterialsStudio44 export MSI_LIC_PACK_DIR=$MS/LicensePack export MSI_LICENSE_FILE=$MSI_LIC_PACK_DIR/Licenses/msi.lic export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS/LicensePack/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export mymachine=$CURDIR/nodelist export PATH=/opt/issp2/Accelrys/MaterialsStudio44/etc/CASTEP/bin:$PATH #environment done NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | wc -l` cat $PBS_NODEFILE > $CURDIR/nodelist sed -i s/$/-ib/ $CURDIR/nodelist $EXEC -np $NP $filesurname rm -f $CURDIR/nodelist [ Last edited by dongdong3881 on 2010-3-5 at 09:18 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有3人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有3人回复
★ ★ ★ ★ ★
ice_rain(金币+5):谢谢指导 2010-03-06 10:12
ice_rain(金币+5):谢谢指导 2010-03-06 10:12
|
首先，这一行有笔误，DMOL3_DATA应为CASTEP_DATA export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep 其次，建议不要使用RunCASTEP.sh，而使用castepexe_mpi.exe 下面的脚本是我用的，可以多个节点并行，你可以尝试一下，注意修改一下路径 最后那个-ibv参数也可以不要，除非你有ib模块 job=Ag cd $PBS_O_WORKDIR rm -f .machine for NODE in `cat $PBS_NODEFILE` do echo "-h $NODE -np 1 /home/msi5.0/Accelrys/MaterialsStudio50/bin/castepexe_mpi.exe $job" >> .machine done /opt/hpmpi/bin/mpirun -ibv -f .machine |
2楼2010-03-05 09:50:25
dongdong3881
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.418
- 金币: 3929.4
- 散金: 113
- 红花: 2
- 沙发: 1
- 帖子: 789
- 在线: 99.2小时
- 虫号: 640506
- 注册: 2008-10-29
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2010-03-05 11:10:21
dongdong3881
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.418
- 金币: 3929.4
- 散金: 113
- 红花: 2
- 沙发: 1
- 帖子: 789
- 在线: 99.2小时
- 虫号: 640506
- 注册: 2008-10-29
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2010-03-16 21:55:56
awmc2008
至尊木虫 (文坛精英)
学习者
- 应助: 62 (初中生)
- 金币: 15304.6
- 红花: 10
- 帖子: 12492
- 在线: 737.6小时
- 虫号: 600677
- 注册: 2008-09-12
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2010-03-17 10:19:42
luyongan
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2927
- 散金: 5
- 帖子: 75
- 在线: 89.1小时
- 虫号: 593873
- 注册: 2008-09-06
- 性别: GG
- 专业: 计算机体系结构
6楼2010-03-19 08:15:07
dongdong3881
木虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 贵宾: 0.418
- 金币: 3929.4
- 散金: 113
- 红花: 2
- 沙发: 1
- 帖子: 789
- 在线: 99.2小时
- 虫号: 640506
- 注册: 2008-10-29
- 性别: MM
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
7楼2010-03-19 16:48:14
8楼2010-03-19 18:08:18
