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zhanping

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】gaussian输出结构变形

我算的L-Threonine(L-苏氨酸)分子,之前画了一个,算了1-3THz，跟文章上的差太远，后在ccdc上找了一个，它是-NH3 、-C-COO-（C-O单键，我画的有个H：-C-COOH 、NH2少个H ），我画的是根据百度图，但我看了文章的参考数据和图，就是ccdc上的这个，就直接算了，可是算完后-C-COO中两个C-O为双键了，-NH3的一个键断了！IR结果还是不对！
     老是出现这种.out文件跟输入文件键不一致的问题，.CHK文件倒是对的，但我想这肯定会影响IR频率计算吧。请教该采取什么方法？或输入参数问题。
     千万千万的要帮忙。
     先谢过！
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1楼 2010-03-04 23:40:33
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lwei7336

木虫 (小有名气)
★
zhanping(金币+1):谢谢参与
成键类型要靠自己分析，gaussview的成键标准很粗糙的，就是看原子半径
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2楼2010-03-05 09:00:52
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zhanping

金虫 (正式写手)
"成键类型要靠自己分析"

   自己肯定知道该成什么键,可怎么分析?结果都出来了.
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3楼2010-03-05 10:50:52
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★
zhanping(金币+1):谢谢参与
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146
这个帖子的第三章第一节
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4楼2010-03-05 13:11:03
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zhanping

金虫 (正式写手)
这一章我有看过，是说打开初始文件和.chk文件无恙，我照做了，是这样。可是.out文件的结构键关系改变了（相对输入文件），我就对所算的IR有怀疑。
  难道只要.CHK没事，就没事。还是说我的结构太差。
  还请再指教！

[ Last edited by zhanping on 2010-3-5 at 23:03 ]
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5楼2010-03-05 22:54:02
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c111999

铜虫 (小有名气)
★
zhanping(金币+1):谢谢参与
zhanping(金币+2): 2010-03-09 16:00
引用回帖:
Originally posted by zhanping at 2010-03-04 23:40:33:
我算的L-Threonine(L-苏氨酸)分子,之前画了一个,算了1-3THz，跟文章上的差太远，后在ccdc上找了一个，它是-NH3 、-C-COO-（C-O单键，我画的有个H：-C-COOH 、NH2少个H ），我画的是根据百度图，但我看了文章的参考 ...

1。是否优化结构了？
晶体结构直接计算可能会出现很大误差，
以晶体结构为基础优化未必能够收敛：伸直会出现分子碎裂
2。如果是重复前人计算结果，那么如果用了同样的结构就应该得到同样的结果
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6楼2010-03-05 23:33:43
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