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yghboy168

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】如何设计同源引物?

我做的链霉菌没有测序,现在要克隆基因出来,需要设计同源引物。这方面没有做过。请教大家。只知道需要先对比序列,找出同源序列,对同源序列,设计引物。用什么软件对比啊?如果同源序列只在基因的中间,如何克隆出全基因?同源性达到什么程度才可以设计同源引物?同源性不强怎么办?
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your2007

至尊木虫 (著名写手)

有筛选模型就建文库调基因出来,
爱人者被爱,敬人者人敬
2楼2010-03-03 19:14:27
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


yghboy168(金币+1): 2010-03-03 20:54
1949stone(金币+1): 2010-03-03 23:32
用Blast比对软件,很多的,在NCBI网站上直接比对比较好
找到序列后,设计RACE引物获得全长,是以RNA合成供两端RACE PCR的cDNA为模板
3楼2010-03-03 19:19:44
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yghboy168

银虫 (小有名气)

★ ★
amisking(金币+2): 2010-03-03 21:28
我的意思是,比如知道同属其他菌种的葡萄糖激酶基因序列,通过同源性对比来,找到这个基因的保守区域,而设计同源引物来克隆出,我所研究菌的基因。我只是知道基本原理,没有做过细节不太清楚。呵呵希望有经验的大侠指教
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4楼2010-03-03 20:53:50
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chenyuqin

新虫 (小有名气)

NCBI上Blast比对找出同源区域,可以设计兼并引物,然后设计RACE引物获得全长
where there is a will,there ia a way.
5楼2010-03-03 21:19:09
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