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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】蛋白质结构的选择
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tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白质结构的选择

如果一个蛋白质的晶体结构在PDB中存在好多个，那么怎样选择比较合适的来做对接呢？有具体的规则吗

[ Last edited by lei0736 on 2010-3-3 at 16:32 ]
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1楼 2010-03-03 11:50:50
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tjegg

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-03 16:32
你这是求助，不是讨论，题目错了，性质不一样，决定着你的态度也是完全不同的。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2010-03-03 12:26:32
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-03 16:32
引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2010-03-03 11:50:50:
如果一个蛋白质的晶体结构在PDB中存在好多个，那么怎样选择比较合适的来做对接呢？有具体的规则吗

我也是个新手，在这里提一点不成熟的意见：
如果用AUTODOCK进行分子对接，需要设置BOX的大小和位置，那么如果你选择了一个和底物共结晶的晶体结构，你在对接其它类似底物的时候可以采用这个底物的坐标作为参考坐标，同时，你可以利用这个底物和酶进行对接，检验你方法的准确性如何，因此，我认为，存在底物共结晶的晶体结构比较适合做对接，仅供参考
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3楼2010-03-03 12:30:58
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tjegg

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-03 19:47
选一个复合物的晶体结构，而且必须保证结构解析的是完整的，没有有问题的残基，分辨率较高就可以了。
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4楼2010-03-03 17:48:06
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tingjun

木虫 (小有名气)
有点明白，谢谢！如何在众多的PDB结构中看出哪个是晶体结构是比较完整的啊？
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5楼2010-03-04 08:55:31
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tjegg

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lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-04 10:13
晕倒~~，你用蛋白显示软件就可以看，有商业版的，也有免费的，这是最基本的。。。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-03-04 09:03:54
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-04 11:25
引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2010-03-04 08:55:31:
有点明白，谢谢！如何在众多的PDB结构中看出哪个是晶体结构是比较完整的啊？

呵呵~其实提交到PDB数据库的结构大部分是比较完整的，你可以看看它们的分辨率，蛋白显示结构的软件很多，常用的比如Rasmol,pymol等等，我推荐您用Pymol,0.99之前的都是免费的，可以在网上下载到！！呵呵，练习下就会得
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7楼2010-03-04 10:46:26
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