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tingjun

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[交流] 【求助】蛋白质结构的选择

如果一个蛋白质的晶体结构在PDB中存在好多个，那么怎样选择比较合适的来做对接呢？有具体的规则吗

[ Last edited by lei0736 on 2010-3-3 at 16:32 ]

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1楼 2010-03-03 11:50:50

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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-03 16:32

你这是求助，不是讨论，题目错了，性质不一样，决定着你的态度也是完全不同的。

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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。

2楼2010-03-03 12:26:32

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

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lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-03 16:32

引用回帖:

Originally posted by tingjun at 2010-03-03 11:50:50:
如果一个蛋白质的晶体结构在PDB中存在好多个，那么怎样选择比较合适的来做对接呢？有具体的规则吗

我也是个新手，在这里提一点不成熟的意见：
如果用AUTODOCK进行分子对接，需要设置BOX的大小和位置，那么如果你选择了一个和底物共结晶的晶体结构，你在对接其它类似底物的时候可以采用这个底物的坐标作为参考坐标，同时，你可以利用这个底物和酶进行对接，检验你方法的准确性如何，因此，我认为，存在底物共结晶的晶体结构比较适合做对接，仅供参考

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3楼2010-03-03 12:30:58

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