应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】蛋白质结构的选择
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 641  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

tingjun

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】蛋白质结构的选择

如果一个蛋白质的晶体结构在PDB中存在好多个，那么怎样选择比较合适的来做对接呢？有具体的规则吗

[ Last edited by lei0736 on 2010-3-3 at 16:32 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-03-03 11:50:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-03 16:32
你这是求助，不是讨论，题目错了，性质不一样，决定着你的态度也是完全不同的。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2010-03-03 12:26:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-03 16:32
引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2010-03-03 11:50:50:
如果一个蛋白质的晶体结构在PDB中存在好多个，那么怎样选择比较合适的来做对接呢？有具体的规则吗

我也是个新手，在这里提一点不成熟的意见：
如果用AUTODOCK进行分子对接，需要设置BOX的大小和位置，那么如果你选择了一个和底物共结晶的晶体结构，你在对接其它类似底物的时候可以采用这个底物的坐标作为参考坐标，同时，你可以利用这个底物和酶进行对接，检验你方法的准确性如何，因此，我认为，存在底物共结晶的晶体结构比较适合做对接，仅供参考
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-03-03 12:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-03 19:47
选一个复合物的晶体结构，而且必须保证结构解析的是完整的，没有有问题的残基，分辨率较高就可以了。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-03-03 17:48:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)
有点明白，谢谢！如何在众多的PDB结构中看出哪个是晶体结构是比较完整的啊？
赞一下 回复此楼
5楼2010-03-04 08:55:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-04 10:13
晕倒~~，你用蛋白显示软件就可以看，有商业版的，也有免费的，这是最基本的。。。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-03-04 09:03:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-04 11:25
引用回帖:
Originally posted by tingjun at 2010-03-04 08:55:31:
有点明白，谢谢！如何在众多的PDB结构中看出哪个是晶体结构是比较完整的啊？

呵呵~其实提交到PDB数据库的结构大部分是比较完整的，你可以看看它们的分辨率，蛋白显示结构的软件很多，常用的比如Rasmol,pymol等等，我推荐您用Pymol,0.99之前的都是免费的，可以在网上下载到！！呵呵，练习下就会得
赞一下(3人) 回复此楼
7楼2010-03-04 10:46:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tingjun 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿211生物学280分 求调剂 +5 李rien 2026-04-05 5/250 2026-04-06 10:30 by zhyzzh
[考研] 一志愿C9的化学工程（085602） 340分，感觉校内调剂无望，求调剂 +12 万事宜臻 2026-04-04 12/600 2026-04-06 07:46 by 无际的草原
[考研] 计算机11408，286分求调剂 +7 木子念晞 2026-04-05 7/350 2026-04-05 19:02 by chy09050039
[考研] 295求调剂 +4 A你好研究生 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:46 by yu221
[考研] 材料工程085601数二英一335求调剂 +6 双马尾痞老板2 2026-03-31 6/300 2026-04-04 22:29 by hemengdong
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 306求调剂 +3 hyb上名工 2026-04-02 3/150 2026-04-04 18:12 by 热情沙漠
[考研] 一志愿南昌大学324求调剂 +9 hanamiko 2026-03-30 9/450 2026-04-04 11:04 by 猪会飞
[考研] 求调剂，一志愿南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 311求调剂 +20 zchqwer 2026-04-01 22/1100 2026-04-03 22:09 by lglzsd
[考研] 学硕机械工程303求调剂 +6 无名所以叫吴明 2026-03-30 7/350 2026-04-03 16:48 by asdfzly
[考研] 320求调剂 +5 振—TZ 2026-04-02 5/250 2026-04-03 14:42 by fxue1114
[考研] 085801 总分275 本科新能源 求调剂 +19 bradoner 2026-04-01 23/1150 2026-04-03 10:07 by linyelide
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +8 双马尾痞老板2 2026-04-02 9/450 2026-04-02 14:45 by 5896
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 14:08 by 哒哒哒呱呱呱
[考研] 266求调剂 +4 学员97LZgn 2026-04-02 4/200 2026-04-02 09:52 by yulian1987
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-01 12/600 2026-04-02 00:21 by 百秒光年
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:24 by 无际的草原
[考研] 08工科275求调剂，可跨考。 +5 AaAa7420 2026-03-31 5/250 2026-04-01 15:21 by 159357hjz
[考研] 求调剂，一志愿北林食品与营养095500，301分，已过六级，有科研经历 +4 快乐储蓄罐 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭