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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】sybyl,Flexidock
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orangedp6597

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】sybyl,Flexidock

最近开始弄药物分子设计的东西，不太懂，想做小分子和蛋白分子的对接。小分子和蛋白分子晶体结构已经准备好了，可是就是不太会弄具体对接过程。比如，小分子的处理，蛋白分子的处理等，由于SYBYL7.0版本，所以只有dock,flexidock模块，查了很多次，都找不到相应的内容，HELP的内容也看了，看是不太明白，估计是基础太差了。希望哪位高手能帮帮忙，老板想要尽快要结果，没有眉目真的很着急。若有相应学习资料请发送到我的邮箱吧，谢谢。邮箱：orangedp@gmail.com

[ Last edited by orangedp6597 on 2010-3-11 at 20:34 ]
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1楼 2010-02-28 02:42:07
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-16 16:33
orangedp6597(金币+5): 2010-03-17 20:31
orangedp6597(金币+2): 2010-03-19 00:00
基本步骤：
[1] 小分子处理：
修正原子类型和键型；加氢；结构优化
[2] 蛋白质处理：
检查结构完整性；加氢；检查二硫键
[3] 手动对接
建议先用DOCK模块进行手动对接，得到一个初步合理的起始结合模式，利用这个起始构象进行下面的自动对接
[4] FlexX对接
按照Manual里面一步一步做就行
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2楼2010-03-16 16:28:56
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-17 16:41
orangedp6597(金币+2): 2010-03-17 20:31
我用的SYBYL8.1的,DOCK的模块升级成了Surflex_Dock.但是基本方法应该没太大变化.
去TRIPOS的网站上找份Turorial照着做下就差不多了.
给你份PPT吧,希望有所帮助.
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3楼2010-03-17 14:01:31
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hulingren

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢，学习软件程序起步都很难，把握说明书是关键 2010-03-17 19:19
和楼主一样，我也是才学这个，用的是sybyl7.3，DOCK模块有Surflex-Dock和FlexX，我现在是看着软件自带的说明书，照着软件自带的例子学着做，非常枯燥。感觉有些操作都不明白是在做什么，打算先把软件摸熟了再去细究这些问题～
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4楼2010-03-17 19:13:43
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