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orangedp6597

银虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 32.9
散金: 1
帖子: 157
在线: 122.9小时
虫号: 777169
注册: 2009-05-22
专业: 理论和计算化学

[交流] 【求助】sybyl,Flexidock

最近开始弄药物分子设计的东西，不太懂，想做小分子和蛋白分子的对接。小分子和蛋白分子晶体结构已经准备好了，可是就是不太会弄具体对接过程。比如，小分子的处理，蛋白分子的处理等，由于SYBYL7.0版本，所以只有dock,flexidock模块，查了很多次，都找不到相应的内容，HELP的内容也看了，看是不太明白，估计是基础太差了。希望哪位高手能帮帮忙，老板想要尽快要结果，没有眉目真的很着急。若有相应学习资料请发送到我的邮箱吧，谢谢。邮箱：orangedp@gmail.com

[ Last edited by orangedp6597 on 2010-3-11 at 20:34 ]

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1楼 2010-02-28 02:42:07

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hug_wind

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 242.6
帖子: 49
在线: 10小时
虫号: 652208
注册: 2008-11-12
专业: 计算生物学/药物设计

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-16 16:33
orangedp6597(金币+5): 2010-03-17 20:31
orangedp6597(金币+2): 2010-03-19 00:00

基本步骤：
[1] 小分子处理：
修正原子类型和键型；加氢；结构优化
[2] 蛋白质处理：
检查结构完整性；加氢；检查二硫键
[3] 手动对接
建议先用DOCK模块进行手动对接，得到一个初步合理的起始结合模式，利用这个起始构象进行下面的自动对接
[4] FlexX对接
按照Manual里面一步一步做就行