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yucheng9255

木虫 (著名写手)

[交流] 【专题】希望大家对我的实验思路提出宝贵意见

老板让我研究野生葡萄中的ALDH基因的表达和功能性分析,该葡萄品种中ALDH基因还没人研究过,
以下是我的实验思路:
1)        通过生物信息学查找所有生物中的ALDH 基因,找出保守序列
2)        通过保守序列设计引物,使用PCR的方法,克隆出一个片段,测序。
3)        根据所克隆片段的序列设计引物,通过RACE的方法,得出序列的3 和5 末端,从而得出ALDH的全长,测序
4)        用RT-PCR的方法,研究ALDH基因在不同组织和时间的表达情况
5)        制备ALDH多克隆抗体,进行Western,验证ALDH酶的在不同时间和组织的表达情况
6)              在逆境条件下,RT-RCR和western  的方法,对ALDH基因和ALDH酶 在不同组织和不同时间的表达情况进行研究
7)        对ALDH进行功能性研究
这种思路正确吗?还有怎么查出所有的ALDH基因?如何找出它们的保守序列?怎么对酶进行功能性研究?希望大家提出宝贵的意见!
谢谢!!!
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jasco

木虫 (正式写手)

yucheng9255(金币+5):真是谢谢了 2010-02-09 17:31
1)        通过生物信息学查找所有生物中的ALDH 基因,找出保守序列
其实没有必要找所有物种的啦,相近的就可以了,毕竟主要目的就是先得到一段序列
2)        通过保守序列设计引物,使用PCR的方法,克隆出一个片段,测序。
最好用RT-pcr啦,转录本水平做
3)        根据所克隆片段的序列设计引物,通过RACE的方法,得出序列的3 和5 末端,从而得出ALDH的全长,测序

4)        用RT-PCR的方法,研究ALDH基因在不同组织和时间的表达情况
Qpcr
5)        制备ALDH多克隆抗体,进行Western,验证ALDH酶的在不同时间和组织的表达情况
是表达蛋白还是用多肽做? 表达蛋白的话,又要增加一个步骤了。。。
6)              在逆境条件下,RT-RCR和western  的方法,对ALDH基因和ALDH酶 在不同组织和不同时间的表达情况进行研究
7)        对ALDH进行功能性研究


这一套做下来,,,,好几年过去了
4楼2010-02-09 16:49:06
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jasco

木虫 (正式写手)

yucheng9255(金币+1):谢谢 2010-02-09 17:24
查询蛋白可以在uniprot中查找
http://www.uniprot.org/
3楼2010-02-09 16:41:56
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yucheng9255

木虫 (著名写手)

第二步是使用RT-PCR做
第四步的QPCR是否需要制备探针呀
第五步的我的想法是通过纯化蛋白,然后注射兔子来制备多克隆抗体,不太懂这是表达蛋白还是多肽,希望你深入指点一下

由于我本科不是学生物的,现在刚上研一, 很多地方都不懂,谢谢你的指点了
5楼2010-02-09 17:30:24
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anny66cb

银虫 (小有名气)


yucheng9255(金币+1):谢谢参与
这个帖子应该放到理论与实验技术区里吧
6楼2010-02-09 20:02:15
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