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hapwave荣誉版主 (著名写手)
向日阳光
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[交流]
【求助】xp 和 platon得到氢键不一样呀，怎么办？
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xp 和 platon得到氢键不一样呀，怎么办？ 1、写文章时我只用了.tex文件的几个数据 如果用怎样在cif文件里加上氢键？直接把platon.lst的数据按格式加进去行吗？ 2、是不是堆积图也要重新画？怎么操作呢 哪位兄弟能帮忙？太急了，我把文件发给你，同时以50金币作谢意！ Xp .tex文件 Table 7. Hydrogen bonds for r080124a [A and deg.]. ____________________________________________________________________________ D-H...A d(D-H) d(H...A) d(D...A) <(DHA) N(1)-H(1)...O(4)#1 0.927(17) 1.849(17) 2.7459(15) 162.1(14) O(4)-H(4B)...O(3)#2 0.89(2) 1.97(2) 2.8391(14) 166.2(18) O(4)-H(4A)...O(1) 0.92(2) 1.84(2) 2.7625(16) 174.4(19) ____________________________________________________________________________ Symmetry transformations used to generate equivalent atoms: #1 x,-y+2,z+1/2 #2 -x+3/2,-y+3/2,-z+1 plarton的Palton.Lst文件 Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ) Sum(XZ) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 1 1 N(1) --H(1) ..O(4) [ 4554.02] 0.927(17) 1.849(17) 2.7461(16) 162.2(16) 2 2 O(4) --H(4A) ..O(1) [ ] 0.92(2) 1.84(2) 2.7626(15) 174(2) 3 2 O(4) --H(4B) ..O(3) [ 7556.01] 0.89(2) 1.97(2) 2.8392(15) 166(2) 4 1 C(3) --H(3) ..F(3) [ 2554.01] 0.95 2.51 3.2676(18) 137 5 1 C(4) --H(4) ..O(4) [ 4554.02] 0.95 2.55 3.462(2) 160 6 1 C(10) --H(10) ..O(2) [ 7546.01] 1.00 2.46 3.3113(17) 143 7 1 C(14) --H(14) ..F(2) [ 8555.01] 1.00 2.54 3.1998(17) 123 8 1 C(15) --H(15) ..O(3) [ 7556.01] 1.00 2.43 3.2838(16) 143 9 1 C(17) --H(17) ..O(3) [ 6545.01] 0.95 2.50 3.2373(17) 134 Translation of ARU-code to Equivalent Position Code =================================================== [ 2554. ] = -x,y,-1/2-z [ 7556. ] = 1/2-x,1/2-y,1-z [ 6545. ] = 1/2-x,-1/2+y,1/2-z [ 7546. ] = 1/2-x,-1/2-y,1-z [ 4554. ] = x,-y,-1/2+z [ 8555. ] = 1/2+x,1/2-y,1/2+z [ Last edited by hapwave on 2010-2-6 at 10:40 ] |
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hapwave(金币+10): 2010-02-06 15:42
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在cif文件中加入氢键： 1. 首先在*.ins文件中加入HTAB 指令精修一次，然后查看产生的*.lst文件中相关氢键的部分。 2.从*.lst其中找出对称码，在ins文件中加入相应的指令 如EQIV $1 1-x,1/2+y,1-z ... 再找出相应当氢键删除HTAB指令，加入每个氢键的指令 如 HTAB O2 O3 HTAB O1 N2_$1 注：对称码要写正确，不是对称操作产生的原子不要写对称码 ... 然后精修就可以在cif文件的最后中产生氢键列表。 [ Last edited by forever1706 on 2010-2-6 at 14:32 ] |
8楼2010-02-06 13:53:06
hapwave
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hapwave(金币+1):谢谢参与
hapwave(金币+5): 2010-02-06 11:14
hapwave(金币+1):谢谢参与
hapwave(金币+5): 2010-02-06 11:14
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首先，xp只给出经典氢键，如O-H---O, N-H---O, 当然也包括acceptor是卤素的情况等。这方面有很多经典文献可以查阅。而platon在给出经典氢键的同时，也给出弱的氢键作用，特别像donor是CH3的情况，当然也包括CH2等。只能与acceptor之间形成弱的氢键作用。在cif中加氢键，得在ins文件中加入相应的命令，精修后就能在cif中给出相应的氢键数据。这个命令的具体格式我回去查一下资料，下午告诉你，印象中某些要加入对称操作。至于怎样在cif中加入非经典氢键，偶也不知道。等高手吧。 [ Last edited by forever1706 on 2010-2-6 at 10:51 ] |
3楼2010-02-06 10:46:53
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hapwave(金币+5): 2010-02-06 12:14
hapwave(金币+5): 2010-02-06 12:14
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画氢键堆积图，参见该贴讨论，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1829187 我个人倾向于Diamond画，容易控制，图好看，清楚。 |
4楼2010-02-06 10:49:24
