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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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duanxe1010

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请教如何在XP的堆积图中只显示形成氢键的氢

请教各位朋友:

    在XP的堆积图,输哪些指令, 可以只显示形成氢键的氢,而不显示没有形成氢键的氢原子。

  或者怎么做才能得到在堆积图中,只有有氢键的氢显示,而不显示没有形成氢键的氢原子。

[ Last edited by duanxe1010 on 2010-2-2 at 15:45 ]
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hongyanxu

木虫 (著名写手)

还有这个命令啊!等着学习~~~
在路上路过
2楼2010-02-02 15:21:45
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forever1706

禁虫 (知名作家)

duanxe1010(金币+5):谢谢,学习了 2010-02-04 10:32
没听说过这个命令啊。不过有个变通的办法,有点麻烦:1。加上所有氢,2。检查哪些氢原子参与氢键形成 3 删掉所有氢 4。重新在xp中加氢,只加参与形成氢键的氢所在的母原子。 5。 再删无用的氢,比如,一个CH3上只有一个氢参与氢键。则需将另外两个删掉。

哈哈,够烦的了。我是懒得干这样的事。一般在platon检查氢键后用Diamond解决。

期待更直接,有效的办法。
3楼2010-02-02 17:13:18
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fengqian2004

木虫 (著名写手)

duanxe1010(金币+5):谢谢,学习了 2010-02-04 10:33
两个软件各有利弊,画氢键氢键用XP的堆积图要比用Diamond的好解决,直接堆积就可以表达氢键,与氢原子无关,但太弱的氢键必须,一开始不要删氢,画好氢键后用pick命令闪电部分氢,画出的校正起,在iamond的里面要重新设置O-H距离,在画出,且不好找角度 不整洁,反复的添加,删除太麻烦
痛并快乐着
4楼2010-02-03 08:39:36
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forever1706

禁虫 (知名作家)

楼上说的对,在Diamond里要根据platon的检查结果设置氢键的构成原子和相应的氢键键长范围,也挺繁的。
5楼2010-02-03 10:20:32
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yy0520yy

金虫 (职业作家)

偶觉得的DIamond 更简单点,而且图也漂亮,一家之言。
6楼2010-02-03 11:19:21
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duanxe1010

银虫 (小有名气)

没能给您赠送金币

引用回帖:
Originally posted by yy0520yy at 2010-02-03 11:19:21:
偶觉得的DIamond 更简单点,而且图也漂亮,一家之言。

没能给您赠送金币,说是我的级别不够,在此谢谢您的回复。
7楼2010-02-04 10:40:00
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duanxe1010

银虫 (小有名气)

谢谢

引用回帖:
Originally posted by forever1706 at 2010-02-03 10:20:32:
楼上说的对,在Diamond里要根据platon的检查结果设置氢键的构成原子和相应的氢键键长范围,也挺繁的。

谢谢您的回复,对我很有帮助,给您赠送金币未能成功,在此再次感谢。

另外,在XP中输入pick $h 扫描所有氢键,用回车键去掉自己不需要的氢键,用空格键留下有用的,也行。当然在pack前进行此操作最好。也有些费事。
8楼2010-02-04 10:48:01
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