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hapwave荣誉版主 (著名写手)
向日阳光
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[交流]
【求助】xp 和 platon得到氢键不一样呀，怎么办？
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xp 和 platon得到氢键不一样呀，怎么办？ 1、写文章时我只用了.tex文件的几个数据 如果用怎样在cif文件里加上氢键？直接把platon.lst的数据按格式加进去行吗？ 2、是不是堆积图也要重新画？怎么操作呢 哪位兄弟能帮忙？太急了，我把文件发给你，同时以50金币作谢意！ Xp .tex文件 Table 7. Hydrogen bonds for r080124a [A and deg.]. ____________________________________________________________________________ D-H...A d(D-H) d(H...A) d(D...A) <(DHA) N(1)-H(1)...O(4)#1 0.927(17) 1.849(17) 2.7459(15) 162.1(14) O(4)-H(4B)...O(3)#2 0.89(2) 1.97(2) 2.8391(14) 166.2(18) O(4)-H(4A)...O(1) 0.92(2) 1.84(2) 2.7625(16) 174.4(19) ____________________________________________________________________________ Symmetry transformations used to generate equivalent atoms: #1 x,-y+2,z+1/2 #2 -x+3/2,-y+3/2,-z+1 plarton的Palton.Lst文件 Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [ ARU ] D - H H...A D...A D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ) Sum(XZ) ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ 1 1 N(1) --H(1) ..O(4) [ 4554.02] 0.927(17) 1.849(17) 2.7461(16) 162.2(16) 2 2 O(4) --H(4A) ..O(1) [ ] 0.92(2) 1.84(2) 2.7626(15) 174(2) 3 2 O(4) --H(4B) ..O(3) [ 7556.01] 0.89(2) 1.97(2) 2.8392(15) 166(2) 4 1 C(3) --H(3) ..F(3) [ 2554.01] 0.95 2.51 3.2676(18) 137 5 1 C(4) --H(4) ..O(4) [ 4554.02] 0.95 2.55 3.462(2) 160 6 1 C(10) --H(10) ..O(2) [ 7546.01] 1.00 2.46 3.3113(17) 143 7 1 C(14) --H(14) ..F(2) [ 8555.01] 1.00 2.54 3.1998(17) 123 8 1 C(15) --H(15) ..O(3) [ 7556.01] 1.00 2.43 3.2838(16) 143 9 1 C(17) --H(17) ..O(3) [ 6545.01] 0.95 2.50 3.2373(17) 134 Translation of ARU-code to Equivalent Position Code =================================================== [ 2554. ] = -x,y,-1/2-z [ 7556. ] = 1/2-x,1/2-y,1-z [ 6545. ] = 1/2-x,-1/2+y,1/2-z [ 7546. ] = 1/2-x,-1/2-y,1-z [ 4554. ] = x,-y,-1/2+z [ 8555. ] = 1/2+x,1/2-y,1/2+z [ Last edited by hapwave on 2010-2-6 at 10:40 ] |
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hapwave(金币+30):多谢兄弟热心帮助！ 2010-02-06 23:52
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loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A N2 H2A N1 0.876(18) 2.001(18) 2.7029(18) 136.3(15) . C14 H14A O1 0.93 2.40 2.7356(18) 101.3 . N2 H2B O1 0.904(18) 2.058(19) 2.9583(17) 173.4(15) 3_565 C13 H13A O2 0.93 2.44 3.1904(19) 137.9 3_676 _diffrn_measured_fraction_theta_max 0.999 _diffrn_reflns_theta_full 25.02 _diffrn_measured_fraction_theta_full 0.999 _refine_diff_density_max 0.132 _refine_diff_density_min -0.132 _refine_diff_density_rms 0.027 _diffrn_measured_fraction_theta_max 0.999 完整度99.9% |
16楼2010-02-06 23:51:54
hapwave
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向日阳光
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2楼2010-02-06 09:53:40
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hapwave(金币+1):谢谢参与
hapwave(金币+5): 2010-02-06 11:14
hapwave(金币+1):谢谢参与
hapwave(金币+5): 2010-02-06 11:14
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首先，xp只给出经典氢键，如O-H---O, N-H---O, 当然也包括acceptor是卤素的情况等。这方面有很多经典文献可以查阅。而platon在给出经典氢键的同时，也给出弱的氢键作用，特别像donor是CH3的情况，当然也包括CH2等。只能与acceptor之间形成弱的氢键作用。在cif中加氢键，得在ins文件中加入相应的命令，精修后就能在cif中给出相应的氢键数据。这个命令的具体格式我回去查一下资料，下午告诉你，印象中某些要加入对称操作。至于怎样在cif中加入非经典氢键，偶也不知道。等高手吧。 [ Last edited by forever1706 on 2010-2-6 at 10:51 ] |
3楼2010-02-06 10:46:53
forever1706
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hapwave(金币+5): 2010-02-06 11:14
hapwave(金币+5): 2010-02-06 12:14
hapwave(金币+5): 2010-02-06 12:14
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画氢键堆积图，参见该贴讨论，http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1829187 我个人倾向于Diamond画，容易控制，图好看，清楚。 |
4楼2010-02-06 10:49:24
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