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yujiaping1

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】质粒测序,公司说质量不好是怎么回事?

我用top-10细胞克隆的3‘RACE产物,载体有PGEM-T easy和TOPO两种,酶切质粒检测,含有目的片段的,送公司测序,结果说质粒质量不好,只能单向测,双向测不了,单向的结果也很差,基本上都没有测到poly(A),不知道这是为什么,请高手指点!
而且测的也不对,连续核苷酸的情况挺多的,比对结果和相似性90%以上的物种,相似性只有70%,根本就是测的一塌糊涂,真是郁闷啊

[ Last edited by yujiaping1 on 2010-2-2 at 18:47 ]
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by jasco at 2010-02-03 13:04:21:
因为你做的3‘race,所以应该目的片段的3’端中含有polyA,如果你从polyA这头测,就会是一串T,会影响测序结果的,建议你从目的片段5‘端单向测,并且walking测到出现polyA序列或者告知测序公司可能会有polyA的影 ...

但是我这个是双向测的,公司说另一边根本就没法测
再说我是做了TA克隆的,polyA不是在中间嘛,应该没有影响了
7楼2010-02-03 14:00:52
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雨中蜗牛

金虫 (正式写手)


yujiaping1(金币+1):谢谢参与 2010-02-02 19:29
1949stone(金币+1): 2010-02-13 18:14
是不是你质粒的信号低,你送的菌液是不是新鲜的啊?
有的公司测得也不准,有一次我在上海生工测得不行又改英骏测得,英俊的结果还行
不过我们这大部分在华大测,挺准的!
■如果如果有一天?k忘記了沵爾一定要記得曾經有一個傻孩子?圻^爾
2楼2010-02-02 19:00:28
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yang0071

木虫 (职业作家)

yujiaping1(金币+1):谢谢参与 2010-02-02 19:29
目的片段gc含量高不?
高的话,要特别跟公司说明,他们会适当调整测序buffer的
3楼2010-02-02 19:18:22
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 雨中蜗牛 at 2010-02-02 19:00:28:
是不是你质粒的信号低,你送的菌液是不是新鲜的啊?
有的公司测得也不准,有一次我在上海生工测得不行又改英骏测得,英俊的结果还行
不过我们这大部分在华大测,挺准的!

我送的不是菌液,是质粒啊
4楼2010-02-02 19:28:19
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