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yujiaping1

木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助/交流】质粒测序，公司说质量不好是怎么回事？

我用top-10细胞克隆的3‘RACE产物，载体有PGEM-T easy和TOPO两种，酶切质粒检测，含有目的片段的，送公司测序，结果说质粒质量不好，只能单向测，双向测不了，单向的结果也很差，基本上都没有测到poly（A），不知道这是为什么，请高手指点！
而且测的也不对，连续核苷酸的情况挺多的，比对结果和相似性90%以上的物种，相似性只有70%，根本就是测的一塌糊涂，真是郁闷啊

[ Last edited by yujiaping1 on 2010-2-2 at 18:47 ]

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1楼 2010-02-02 18:44:39

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yujiaping1

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引用回帖:

Originally posted by jasco at 2010-02-03 13:04:21:
因为你做的3‘race，所以应该目的片段的3’端中含有polyA，如果你从polyA这头测，就会是一串T，会影响测序结果的，建议你从目的片段5‘端单向测，并且walking测到出现polyA序列或者告知测序公司可能会有polyA的影 ...

但是我这个是双向测的，公司说另一边根本就没法测
再说我是做了TA克隆的，polyA不是在中间嘛，应该没有影响了