应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】质粒测序，公司说质量不好是怎么回事？
181/2返回列表12下一页
查看: 819  |  回复: 17
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 yujiaping1 的 2 个金币

yujiaping1

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】质粒测序，公司说质量不好是怎么回事？

我用top-10细胞克隆的3‘RACE产物，载体有PGEM-T easy和TOPO两种，酶切质粒检测，含有目的片段的，送公司测序，结果说质粒质量不好，只能单向测，双向测不了，单向的结果也很差，基本上都没有测到poly（A），不知道这是为什么，请高手指点！
而且测的也不对，连续核苷酸的情况挺多的，比对结果和相似性90%以上的物种，相似性只有70%，根本就是测的一塌糊涂，真是郁闷啊

[ Last edited by yujiaping1 on 2010-2-2 at 18:47 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-02-02 18:44:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨中蜗牛

金虫 (正式写手)
★
yujiaping1(金币+1):谢谢参与 2010-02-02 19:29
1949stone(金币+1): 2010-02-13 18:14
是不是你质粒的信号低，你送的菌液是不是新鲜的啊？
有的公司测得也不准，有一次我在上海生工测得不行又改英骏测得，英俊的结果还行
不过我们这大部分在华大测，挺准的！
赞一下(1人) 回复此楼
■如果如果有一天?k忘記了沵爾一定要記得曾經有一個傻孩子?圻^爾
2楼2010-02-02 19:00:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yang0071

木虫 (职业作家)
yujiaping1(金币+1):谢谢参与 2010-02-02 19:29
目的片段gc含量高不？
高的话，要特别跟公司说明，他们会适当调整测序buffer的
赞一下 回复此楼
3楼2010-02-02 19:18:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by 雨中蜗牛 at 2010-02-02 19:00:28:
是不是你质粒的信号低，你送的菌液是不是新鲜的啊？
有的公司测得也不准，有一次我在上海生工测得不行又改英骏测得，英俊的结果还行
不过我们这大部分在华大测，挺准的！

我送的不是菌液，是质粒啊
赞一下 回复此楼
4楼2010-02-02 19:28:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yang0071 at 2010-02-02 19:18:22:
目的片段gc含量高不？
高的话，要特别跟公司说明，他们会适当调整测序buffer的

应该不高吧，我做RACE的时候就是用普通buffer的
赞一下 回复此楼
5楼2010-02-02 19:29:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasco

木虫 (正式写手)
★
yujiaping1(金币+2):谢谢 2010-02-03 13:59
1949stone(金币+1): 2010-02-13 18:15
因为你做的3‘race，所以应该目的片段的3’端中含有polyA，如果你从polyA这头测，就会是一串T，会影响测序结果的，建议你从目的片段5‘端单向测，并且walking测到出现polyA序列或者告知测序公司可能会有polyA的影响，他们会调节反应体系解决的。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-02-03 13:04:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by jasco at 2010-02-03 13:04:21:
因为你做的3‘race，所以应该目的片段的3’端中含有polyA，如果你从polyA这头测，就会是一串T，会影响测序结果的，建议你从目的片段5‘端单向测，并且walking测到出现polyA序列或者告知测序公司可能会有polyA的影 ...

但是我这个是双向测的，公司说另一边根本就没法测
再说我是做了TA克隆的，polyA不是在中间嘛，应该没有影响了
赞一下 回复此楼
7楼2010-02-03 14:00:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasco

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-02-03 14:00:52:

但是我这个是双向测的，公司说另一边根本就没法测
再说我是做了TA克隆的，polyA不是在中间嘛，应该没有影响了

肯定能测的，就是需要调整反应，

测序时候如果连续十几个T就会导致信号异常的，我测cDNA文库和race时候也遇到过类似问题，5‘端测正常的，3’端测就不行，但是测序公司调整反应后就测出来了
赞一下 回复此楼
8楼2010-02-03 14:14:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by jasco at 2010-02-03 14:14:15:


肯定能测的，就是需要调整反应，

测序时候如果连续十几个T就会导致信号异常的，我测cDNA文库和race时候也遇到过类似问题，5‘端测正常的，3’端测就不行，但是测序公司调整反应后就测出来了

韩国这边的公司测的结果都怪怪的，他们现在就说是我的样品有问题，我确信肯定质粒是没有问题的，用试剂盒回收的，酶切检测，亮度很好
而且他们测序的可信判读也很短，也就四五百，我都快被气死了
赞一下 回复此楼
9楼2010-02-03 14:46:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jasco

木虫 (正式写手)
yujiaping1(金币+1): 2010-02-03 15:46
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-02-03 14:46:12:

韩国这边的公司测的结果都怪怪的，他们现在就说是我的样品有问题，我确信肯定质粒是没有问题的，用试剂盒回收的，酶切检测，亮度很好
而且他们测序的可信判读也很短，也就四五百，我都快被气死了

晕，那你送菌液让他们提质粒试试看
赞一下 回复此楼
10楼2010-02-03 14:51:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yujiaping1 的主题更新
181/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +6 3dfhjxgsh7 2026-02-22 9/450 2026-02-23 07:49 by w4l55oybr1
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 4/200 2026-02-23 06:46 by jsjzfl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 8rmuugja8q 2026-02-22 6/300 2026-02-23 06:39 by w4l55oybr1
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 w89i99eaeh 2026-02-22 4/200 2026-02-23 06:36 by w4l55oybr1
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 5/250 2026-02-23 06:34 by w4l55oybr1
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 khieu8v8m0 2026-02-22 5/250 2026-02-23 06:29 by w4l55oybr1
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 khieu8v8m0 2026-02-22 8/400 2026-02-23 06:24 by w4l55oybr1
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 usprnugpzw 2026-02-21 10/500 2026-02-23 04:58 by 5jlh3qtdvx
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 khieu8v8m0 2026-02-22 6/300 2026-02-23 02:08 by 5jlh3qtdvx
[教师之家] 版面费该交吗 +7 苹果在哪里 2026-02-22 8/400 2026-02-22 22:37 by otani
[基金申请] 基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书 +5 successhe 2026-02-16 6/300 2026-02-22 21:38 by 山西悬空寺空悬�
[基金申请] 面上可以超过30页吧？ +4 阿拉贡aragon 2026-02-22 4/200 2026-02-22 21:22 by 山西悬空寺空悬�
[教师之家] 为什么中国大学教授们水了那么多所谓的顶会顶刊，但还是做不出宇树机器人？ +5 欢乐颂叶蓁 2026-02-21 5/250 2026-02-22 21:15 by 山西悬空寺空悬�
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +4 usprnugpzw 2026-02-21 6/300 2026-02-22 19:48 by w89i99eaeh
[考研] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 3dfhjxgsh7 2026-02-22 4/200 2026-02-22 16:52 by khieu8v8m0
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 usprnugpzw 2026-02-22 3/150 2026-02-22 16:37 by khieu8v8m0
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全,可+急 +3 usprnugpzw 2026-02-21 4/200 2026-02-22 16:27 by khieu8v8m0
[基金申请] 什么是人一生最重要的？ +4 瞬息宇宙 2026-02-21 4/200 2026-02-22 11:44 by huagongfeihu
[基金申请] 今年春晚有几个节目很不错，点赞！ +11 瞬息宇宙 2026-02-16 12/600 2026-02-21 21:14 by lq493392203
[基金申请] 体制内长辈说体制内绝大部分一辈子在底层，如同你们一样大部分普通教师忙且收入低 +9 瞬息宇宙 2026-02-20 12/600 2026-02-21 10:39 by 欢乐颂叶蓁
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭