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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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linzeran

管理员

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[交流] 【求助】用DS中libdock和ligandfit做分子对接结果0pose

各位大牛
我用DS中libdock和ligandfit做分子对接结果0pose
这是docking时的参数设置还是软件本身的问题啊。发现别人也有相似的,请问有没有解决的方法。
先谢谢了
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ostril

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-02-05 09:10
结合位点过大会出0 pose?出0 pose的解决方法之一就是加大结合位点球半径啊。
6楼2010-02-05 00:13:16
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arthurii

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 1-27 12:06
0pose很容易的,可能性很多
我试过,配体受体没处理好,或者结合位点定义过大都会这样子
建议试下重新处理配体和受体,检查结构有没有出错,然后尽量定义小一点结合位点的范围试试
2楼2010-01-27 10:02:30
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linzeran

兑换贵宾

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

非常感谢
关于配体受体没处理好,具体指的是哪方面
3楼2010-01-27 12:58:43
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arthurii

专家顾问

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 1-27 14:47
化学键有错,缺氢等;
一些不常用的元素没有设置好,主要就是金属离子,有部分要设置的;
就诸如此类吧
你选一下monitor里面的v开头的那个,忘记啥了,会给简单自动检查一下的,有红圈的就是有问题的
4楼2010-01-27 14:21:28
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