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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用DS中libdock和ligandfit做分子对接结果0pose
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linzeran

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用DS中libdock和ligandfit做分子对接结果0pose

各位大牛
我用DS中libdock和ligandfit做分子对接结果0pose
这是docking时的参数设置还是软件本身的问题啊。发现别人也有相似的，请问有没有解决的方法。
先谢谢了
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1楼 2010-01-26 21:25:54
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 1-27 12:06
0pose很容易的，可能性很多
我试过，配体受体没处理好，或者结合位点定义过大都会这样子
建议试下重新处理配体和受体，检查结构有没有出错，然后尽量定义小一点结合位点的范围试试
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2楼2010-01-27 10:02:30
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linzeran

木虫 (正式写手)
非常感谢
关于配体受体没处理好，具体指的是哪方面
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3楼2010-01-27 12:58:43
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 1-27 14:47
化学键有错，缺氢等；
一些不常用的元素没有设置好，主要就是金属离子，有部分要设置的；
就诸如此类吧
你选一下monitor里面的v开头的那个，忘记啥了，会给简单自动检查一下的，有红圈的就是有问题的
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4楼2010-01-27 14:21:28
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linzeran

木虫 (正式写手)
非常感谢
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5楼2010-01-27 23:36:03
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ostril

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-02-05 09:10
结合位点过大会出0 pose?出0 pose的解决方法之一就是加大结合位点球半径啊。
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6楼2010-02-05 00:13:16
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tingjun

木虫 (小有名气)

结合位点过大会出0 pose?出0 pose的解决方法之一就是加大结合位点球半径啊。

★
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结合位点的半径一般是9A
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7楼2010-02-09 17:56:49
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