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yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
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[交流]
【每周讨论话题第一期】关于一个反应过程的猜测(投票有奖)
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各位量化人,大家好 量子化学版仿照第一性版,也开展“每周讨论话题”这个栏目了。 这是咱们版第一期每周讨论话题,请大家畅所欲言,各抒己见! 这一期讨论话题是小卒我自己拟定的。将来还请各位专家多多指点,为咱们版提供更多更好的讨论话题啊! 有效回帖给3-10个金币 灌水帖扣3-10个金币============ 最近看了个文献,J. Phys. Chem. A 2002, 106, 5155-5159 计算方法:B3LYP/6-311+G(2df,p)//B3LYP/6-31G(d,p),零点能校正,加Onsager模型描述二甲亚砜溶剂。 作者的Figure1我非常不满。尤其是1b构型(见图1),实在是势垒太高了,高达170多kJ/mol的势垒,我觉得很难爬坡。 而且,从1a到1b,分子内作用力的变化很严重。我觉得这绝不是基元反应能完成的工作 我觉得如果是从1a爬到1b,那么必须经过一系列step by step的爬坡才行。否则免谈 小卒设计了一个爬坡过程,见图2 请各位大侠赐教(PS:我想写吵架文章反驳他。当然写文章之前我要先算一通啦) 不过,虽然小卒看着作者给出的反应过程很不爽,但是小卒自己设计的反应过程也有两个明显漏洞。 (1)ts2--m2--ts3--m3的过程,很可能是错的。很有可能是从ts2直接到m3,而不经过m2和ts3. 如果m2的体系总能量高于ts2,那么就能宣告ts2--m2--ts3--m3的过程的破产,转而直接以ts2--m3的方式反应 (2)我的终产物f1和f2与原作者给出的1h并不相同。我采用f2的样式来描述终产物,主要是考虑到有机化学中六圆环比五元环稳定。但是我也知道,N更容易吸引H。究竟是我的f2还是原作者的1h哪种方式占优势,还是要算了才知道 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-1-23 at 18:18 ] |
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yongleli
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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3):当然不会是“静态”计算了。QM中计算过渡态都要经过irc的验证的 2010-01-29 09:17
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3):当然不会是“静态”计算了。QM中计算过渡态都要经过irc的验证的 2010-01-29 09:17
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机理这种东西好像很难通过“静态”的计算搞定。 提个建议: 1.做ab initio MD,看看怎么过去。 2.叫作者给几个时间分辨率达到ps或者fs级别的激光光谱,比如2DIR,2D absorption等,相当于“肉眼观察”出了reaction channel。 最近跟人合作文章,实验组先搞了一堆光谱,基本上已经可以确定路径了。 我的计算只是锦上添花而已,指出其他路径的要么能垒高,要么产物能量 高于反应物。如果别人计算说有更favor的路径,我们也只好“路过”了。 |
28楼2010-01-29 02:34:30
fegg7502
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2楼2010-01-22 17:18:36
yjcmwgk
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3楼2010-01-22 17:20:55
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4楼2010-01-22 17:23:34









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