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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】对接过程中的氢键和计算的问题
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gytjyb

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】对接过程中的氢键和计算的问题

对接过程中氢键和结合能量是变化的吗?

同源建模得到一个受体的蛋白,去对接一个新发现的配体,
怎么样去准确度量对接的氢键的长度和结合的自由能?
到底是取平均还是取稳定值?
疏水相互作用又该怎样准确的度量?
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1楼 2010-01-21 21:27:00
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1):谢谢 1-27 12:06
跑跑动力学，做做实验，对比计算与实验的结果
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2楼2010-01-27 10:10:04
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-18 20:53
如果可以做平均还是做平均的好！
因为最后得到的稳定构象和前面的构象（同样可以认为是稳定构象）之间或许会有较大的差别。
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出清水而不染
3楼2010-03-18 20:25:23
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