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bio830805

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[交流] 【分享】【原创】分子生物学相关资源汇总<新>已有2人参与

1. 常用生物学网站
1.1综合类（包括工具性网站）
国内：
1) 生物谷http://www.bioon.com/
国内比较大型的生物网站，信息量比较大，商业味道比较浓，是比较综合的一个网站。
2）生物网址通http://www.bio-address.com/
比较全的生物类网站地址收集站点。
3）生物软件网http://www.bio-soft.net/
各种常用生物类软件都包括其中，还有很多相关视频和Manual的下载。
4）小木虫http://muchong.com/bbs/
这个大家都比较熟悉的科学论坛，不过个人觉得生物那部分的子版面不是很热闹。
5)其他：
生物操作专门网http://www.bioop.com/　有一些有用的protocol
生物通http://www.ebiotrade.com/ 和生物谷差不多，比较综合
丁香园http://www.dxy.cn/cms/ 偏医学类的生物网站
卓虎学术资源网http://www.zohu.cn/bbs/index.php 用代理查文献的去处

国外：
1）网上protocol查询http://www.protocol-online.org/prot/
这边各方面收集得都比较全，以前还用过其中的方法，感觉还是很有效的，另外可以参加讨论，加入论坛。
2）可视化protocol网站http://www.jove.com/index.stt?SN=Protocol-Online
非常不错的protocol视频网站，我其中试过的那个protease assay就是在这里找到的。
3）文献网络跟踪系统http://www.biomedexperts.com/Portal.aspx
可以定位文献的出处和作者、学院进行同步更新，非常适合于文献跟踪。
4）生物图片库http://www.biologyimagelibrary.com/
用来加入PPT最好了。
5）其他：
E. coli稀有密码子分析：http://www.doe-mbi.ucla.edu/~sumchan/caltor.html
信号肽序列预测：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
蛋白质细胞定位预测：http://cello.life.nctu.edu.tw/

1.2 数据库类
1） NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
学生物必须学会用这个数据库，也是做常用的数据库，主要用于提交序列，分析序列。
2） PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=PubMed
最常用的文献数据库，有人说如果学生物的不会用这个会被笑死。
3） PDB http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
最著名最常用的蛋白质数据库
4） EXPASY http://www.expasy.org/
欧洲最大的生物信息数据库，和NCBI有一拼。
5） Springerlink http://www.springerlink.com/home/main.mpx
著名的文献数据库之一
6） ScienceDirect http://www.sciencedirect.com/
常用文献数据库
7） Wiley interscience http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/home
著名文献数据库之一
8） Web of Science
http://apps.isiknowledge.com/UA_ ... p;preferencesSaved=
著名的文献数据库之一
9） HighWire Press http://highwire.stanford.edu/
著名的免费文献数据库
10) Scopus http://www.scopus.com/home.url
著名的文献数据库之一
10）国家科学图书文献中心http://www.nstl.gov.cn/index.html
11）中国期刊网http://c79.cnki.net/oldcnki/index4.htm
12）维普期刊http://www.cqvip.com/asp/zksear.shtml
13）日本期刊网http://www.jstage.jst.go.jp/browse/_journallist#1
14）其他
质粒数据库http://gind-db.ucsf.edu:8000/cgi-bin/Plasmid/main_menu2.cgi
蛋白酶数据库http://merops.sanger.ac.uk/

1.3 著名期刊
1） Nature http://www.nature.com/nature/index.html
2） Science http://www.sciencemag.org/
3） PNAS http://www.pnas.org/
4） PEDS http://peds.oxfordjournals.org/ 蛋白质工程、设计与筛选（很相关的杂志）
5） JMB
http://www.elsevier.com/wps/find ... ription#description

1.4 分子模拟
1）Swiss-Model workspace
http://swissmodel.expasy.org/wor ... =modelling_overview
蛋白模拟常用在线工具
2）Surface accessibility prediction http://www.imtech.res.in/raghava/sarpred/
3) 小分子pdb生成工具http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
4）分子模拟论坛http://www.mdbbs.org/bbs.php 需要邀请注册
5）GROMACS主页http://oldwww.gromacs.org/ gromacs分子模拟软件主页

1.5 生物大公司类
1） Merck公司 http://www.merck.com/ 著名的生物大公司
2） Sigma-Aldrich http://www.bio-rad.com/evportal/ ... bel=countrySelector
最著名的化学试剂公司
3） Eppendorf公司http://www.eppendorf.com/int/?l=1&action=start 常用他们的移液器
4） Qiagen http://www1.qiagen.com/ 常用他们的分子操作试剂盒
5） Fermantas http://www.fermentas.com/ 常用他们的限制性内切酶
6） NEB http://www.neb.com/nebecomm/default.asp常用他们的限制性内切酶
7）宝生物公司http://www.takara-bio.com/ 国内常用他们的限制性内切酶
8） Biorad
http://www.bio-rad.com/evportal/ ... bel=countrySelector
常用他们的电泳装置

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不会跳舞的外语达人不是好生物学家

1楼2010-01-20 19:04:54

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2. 常用生物学软件
2.1 综合类
1）Vector NTI Advance (目前已到version 11)
非常强大的生物类综合软件，集成了很多功能，不过要完全掌握需要花点时间，可以在线申请免费使用，获得licence，不过只限于学生。
2）DNAman （目前已到V6）
国内的时候我最常用的一个综合性小软件，还有翻译版的，处理日常一些序列问题足够了。

2.2 工具类
1) 设计引物
Primer premier 5.0 侧重设计
Oligo 6.0 侧重检查
不过我一般用DNAman和Vector NTI就足够了。
2）文献管理
EndNote （目前已有X3.0）
非常不错的文献管理软件，平时可以根据需要分门别类的管理文献，尤其是在写论文的时候插入参考文献那才叫爽那！
3）序列编辑
Bioedit  (目前已有V7.0)
主要用于序列编辑，不过个人对这个软件不很熟练。
4）质粒绘图
SimVector V4
很专业的质粒画图软件，但是没下到破解版
Plasmid processor 1.02
我最常用的，因为完全免费，不过就是黑白的，功能非常单一，不过如果不需要太高的要求，就用这个吧，当然用Vector NTI也可以画，还可以分析。
pDRAW32
好像也常用，而且是彩色的，不过我没有用过。
6）蛋白质结构分析
VMD （目前有V1.8.7）
功能非常强大，首要推荐，我用GROMACS模拟的图可以用VMD可视化，兼容性不错。
Pymol （目前V1.1）
蛋白结构分析软件，简单方便，就像DNAman之于Vector NTI。
Rasmol (目前V2.7)
功能强大的蛋白可视化软件，和VMD有一拼。
Swiss-pdbviewer （Deepview，目前V4.0）
EXPASY下设的Swiss-pdb文件查看软件，功能不错，不过感觉有点复杂。
Cn3D （目前V4.1）
NCBI下设的蛋白查看工具，好处是NCBI上的文件可以直接下载这种软件格式，不过个人觉得功能挺单一的。
7）数据分析
Origin （OriginLab目前V8.1）
非常值得推荐的数据绘图软件，可以生成专业的可发表的图形界面，国内和国外都很流行。
GraphPad Prism (目前V5)
不错的专业绘图工具，颜色很漂亮，重要的是数据拟合功能强大，我做酶动力学拟合就用这个软件实现的。
8）图形绘制与分析
Image J （目前V1.42）
我用这个做SDS-PAGE分析，可以粗略估算目标蛋白所占比重，应该还有很多其他功能，可以慢慢开发。如果使用实验室Biorad的成像系统，Quality One软件应该更专业。
SmartDraw （目前可升级至2010版）
最专业的流程图绘制软件，不过我用的是Demo版，新版本增加了很多新的图形模块。
Chemoffice - ChemDraw Ultra 12.0 Suite
专业的化学结构绘制软件，可以绘制发表级别的专业结构式
Avogadro （目前V1.0.0）
立体分子绘图软件，教授推荐的。
9）进化树
MEGA  (目前V4)
用于绘制进化树，以前的师姐用过。
10）其他
SeqVerter （目前V2.0）
序列转换工具，它可以同时打开多个序列文件、查看序列、选择序列的一部分进行格式转换、将来自不同文件的序列并入一个多序列文件。
MathType  (目前V6.5)
数学公式编辑器，可以插入Word软件，不过我之前用的版本老出错。
Multi-timer Ultimate V2.42
计时器软件，如果电脑离实验台不远，可以用来代替一般的Timer来使用。