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CADD

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助】docking时出错

我刚接触CADD,有几个问题想向大家请教一下。

开始做docking时,score的值很不好,一次对接了二十几个化合物,但是score的值

最大只有零点几。后来先用FieldTemplate和FieldAlign两个软件处理了一下,发现

score的值好了很多。我这样做,会不会影响对接的结果那?

还有一个问题,用FieldTemplate时,选择不同的化合物做模板,然后用FieldAlign处

理,再做对接时得到的结果不一样。用FieldAlign做计算时用的是同一批化合物 (也

就是说输入的构象不同,输出的结果也不同。现在做的对接是柔性对接,我认为对

构象的要求应该不高。因为对接的时候会进行构象优化。但实际上会出现很大的问

题。)这是为什么呀?麻烦各位指点一下。  


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arthurii

木虫 (正式写手)


lei0736(金币+1):谢谢 1-27 12:06
CADD(金币+1):谢谢回帖 2010-03-01 08:54
输入构象不同,结果当然不同……优化也有能垒,而且优化的初始结构是你输入的初始结构,不同结果会有差异很正常吧
2楼2010-01-27 10:08:17
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