应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
131/2返回列表12下一页
查看: 932  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里

输入文件如下，想计算一个有机分子在Au表面的吸附能，只用了一个Au（111）面，6个Au分子。使用VESTA软件建立的
NumberOfAtoms           21

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
        1       79      Au
        2       1       H
        3       6       C
        4       7       N
        5       8       O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType           split
PAO.BasisSize   DZP
PAO.EnergyShift 200 meV

LatticeConstant   4.0782 Ang

%block Latticeparameters
       1  1  1   90. 90. 90.
%endblock

AtomicCoordinatesFormat Ang
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#  * Bohr or NotScaledCartesianBohr
#  * Ang or NotScaledCartesianAng
#  * ScaledCartesian
#  * Fractional or ScaledByLatticeVectors

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
       1.134997585     -0.865427958      2.667642299  1
       1.134997585      2.800524042     -0.998314701 1
       4.800949585     -0.865428958     -0.998314701 1
       1.055172585      1.007996042      0.875067299 1
       3.008423585     -0.945253958      0.875067299 1
       3.008397585      1.007969042     -1.078133701 1
      -1.535468291     -1.667381335     -4.616771325 3
      -2.691536984     -2.022071694     -3.918607325 3
      -0.379399598     -1.312690975     -3.918607325 3
       0.520025508     -1.036740752     -4.461780325 2
      -2.691536984     -2.022071694     -2.522277325 3
      -0.379399598     -1.312690975     -2.522277325  3
      -3.590962091     -2.298021917     -1.979104325 2
      -1.535468291     -1.667381335     -1.824113325 3
      -1.535468291     -1.667381335     -0.737766325  2
      -1.535468291     -1.667381335     -5.703118325 2
       0.895620251     -0.921505529     -1.752278409 4
       1.858789288     -0.625998200     -1.170609729 3
      -3.908601386     -2.395475984     -4.653606289  4
      -4.145020167     -3.594731572     -4.796382267  5
      -4.618939486     -1.486692354     -5.082587506  5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block GeometryConstraints
cellside z
%endblock GeometryConstraints

OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.

kgrid_cutoff            30 Ang

XC.functional   GGA
XC.authors      PBE

%block kgrid_Monkhorst_pack
5 0 0 0.0
0 5 0 0.0
0 0 1 0.0
%endblock

MeshCutoff              200 Ry
MaxSCFIterations        100
DM.NumberPulay  3
DM.NumberKick           15
SolutionMethod  diagon
MD.TypeOfRun            CG
MD.NumCGsteps     800
MD.MaxCGDispl           0.2 Ang
MD.MaxForceTol  0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-18 at 12:54 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2010-01-18 10:28:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+5,VIP+0):非常感谢。可以指点一下修改的方法吗，如果有时间的话 1-18 10:51
感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候肯定有作用。这个是你希望的结果么(SAMs)?
赞一下(3人) 回复此楼
我与我纠缠久
2楼2010-01-18 10:45:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 10:45:
感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候 ...

没有取真空层，VESTA里面设置真空层的那一项，所以就没取， 老板只让我用一层，说这样可以早点出结果。解决的方法是不是增加层数，或者是固定衬底。如果这个是错误的，该怎么修改才正确呢。对于第三个覆盖度的问题。应该是又三种情况吧，但是本人实在是愚钝，文献看不明白atop之类还有覆盖度是1或者1/3又是该怎么设置。请大侠指点
赞一下 回复此楼
3楼2010-01-18 10:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+3,VIP+0):谢谢，3层的话估计要耗我好几个月才能做完，siesta没有并行。 1-18 11:26
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 1-18 19:45
有机分子太大了，表面太小 取4*4的表面都感觉有点小。
至于真空层 是肯定要取的，大概10A就差不多了。
一层怎么模拟？我看到文献中最少也用三层。
赞一下(12人) 回复此楼
相逢是缘！
4楼2010-01-18 11:17:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
这个没法做啊，你老板应该不是做计算的吧？
赞一下 回复此楼
5楼2010-01-18 11:32:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+3,VIP+0):非常感谢，我上了一张图，请大家看看是否正确，跟坐标相对应的Au111 的坐标 1-18 12:53
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 1-18 19:46
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-18 10:50:

没有取真空层，VESTA里面设置真空层的那一项，所以就没取， 老板只让我用一层，说这样可以早点出结果。解决的方法是不是增加层数，或者是固定衬底。如果这个是错误的，该怎么修改才正确呢。对于第三个覆盖度的问 ...

计算必须要保证模型是正确的才可以进行下去啊。
减少计算量的地方不能从减小模型来考虑。你可以减少K点，如果体系太大，完全可以只算gamma点。

另外，你的坐标也有很严重的问题。周期性扩展方向是在x,y方向。但是你的Au原子Z坐标明显高度不一致，也就是说Au（111）面不在你的扩展方向上。
赞一下(11人) 回复此楼
我与我纠缠久
6楼2010-01-18 11:44:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by fanchen021 at 2010-1-18 11:32:
这个没法做啊，你老板应该不是做计算的吧？

老板是做计算的，但是对siesta跟surface一窍不通
赞一下 回复此楼
7楼2010-01-18 12:47:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+4,VIP+0):非常感谢，我就拿这个坐标去做优化去.... 1-18 14:08
PBC    8.6514    8.6514   27.0638   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)
Au1      0.003996234   -0.002307227    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au2      0.003996234   -0.002307227    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au3      1.445893027    0.830172274    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au4      0.003996234    1.662651776    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au5      2.887789820   -0.002307227    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au6      2.887789820   -0.002307227    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au7      4.329686613    0.830172274    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au8      2.887789820    1.662651776    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au9      5.771583406   -0.002307227    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au10     5.771583406   -0.002307227    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au11     7.213480199    0.830172274    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au12     5.771583406    1.662651776    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au13    -1.437900558    2.495131277    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au14    -1.437900558    2.495131277    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au15     0.003996234    3.327610779    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au16    -1.437900558    4.160090280    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au17     1.445893027    2.495131277    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au18     1.445893027    2.495131277    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au19     2.887789820    3.327610779    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au20     1.445893027    4.160090280    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au21     4.329686613    2.495131277    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au22     4.329686613    2.495131277    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au23     5.771583406    3.327610779    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au24     4.329686613    4.160090280    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au25    -2.879797351    4.992569782    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au26    -2.879797351    4.992569782    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au27    -1.437900558    5.825049283    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au28    -2.879797351    6.657528785    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au29     0.003996234    4.992569782    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au30     0.003996234    4.992569782    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au31     1.445893027    5.825049283    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au32     0.003996234    6.657528785    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au33     2.887789820    4.992569782    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au34     2.887789820    4.992569782    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au35     4.329686613    5.825049283    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au36     2.887789820    6.657528785    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
C1       6.863709387   -2.478773934   14.378322217 XXXX 1      xx      C   0.000
C2       5.668403242   -2.531756860   15.098161834 XXXX 1      xx      C   0.000
C3       6.840822784   -2.522024426   12.982851457 XXXX 1      xx      C   0.000
H1       7.770774051   -2.480803597   12.422813565 XXXX 1      xx      H   0.000
C4       4.450208749   -2.627990414   14.422529723 XXXX 1      xx      C   0.000
C5       5.622628292   -2.618257980   12.307219345 XXXX 1      xx      C   0.000
H2       3.520257482   -2.669211244   14.982567615 XXXX 1      xx      H   0.000
C6       4.427322146   -2.671240905   13.027058962 XXXX 1      xx      C   0.000
H3       3.479564859   -2.746110766   12.501416086 XXXX 1      xx      H   0.000
H4       7.811466674   -2.403904073   14.903965093 XXXX 1      xx      H   0.000
N1       5.597387816   -2.665958556   10.768165229 XXXX 1      xx      N   0.000
C7       5.578320785   -2.701992284    9.605540764 XXXX 1      xx      C   0.000
N2       5.692496422   -2.486224492   16.567258945 XXXX 1      xx      N   0.000
O1       5.469941897   -1.404116075   17.109479974 XXXX 1      xx      O   0.000
O2       5.933793082   -3.532913187   17.167851556 XXXX 1      xx      O   0.000



按照你这个分子搭的模型，4层，3X3的表面，把分子放进去后还是小了些。可以参考下。
赞一下(1人) 回复此楼
我与我纠缠久
8楼2010-01-18 13:48:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 13:48:
PBC    8.6514    8.6514   27.0638   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)
Au1      0.003996234   -0.002307227    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au2      0.003996234   -0.002307227    8.0638 ...

不过请问你是用什么做的图呢？MS?额，最近查盗版软件呢，不敢用了。对了，我想问一下为什么说3X3的对于这个有机分子都小呢，判断标准又是什么？
赞一下 回复此楼
9楼2010-01-18 14:09:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
minmin_0082003(金币+5,VIP+0):非常感谢，不过我还有几个问题，想跟你请教 1-18 16:10
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-18 14:09:

不过请问你是用什么做的图呢？MS?额，最近查盗版软件呢，不敢用了。对了，我想问一下为什么说3X3的对于这个有机分子都小呢，判断标准又是什么？

MS做的。 把单胞扩展成超单胞，测量下两个吸附分子之间距离。如果他们之间距离太小，可能就有相互作用。
赞一下(2人) 回复此楼
我与我纠缠久
10楼2010-01-18 14:48:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 minmin_0082003 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +12 zyx上岸！ 2026-04-04 12/600 2026-04-07 02:09 by BruceLiu320
[考研] 288环境专硕,求调材料方向 +20 lllllos 2026-04-04 23/1150 2026-04-07 02:07 by BruceLiu320
[考研] 华南理工0703化学，总分336求调剂 +10 手机用户 2026-04-03 11/550 2026-04-06 22:20 by michael2011
[考研] 0703化学调剂 348分 +7 唉我超真没招了 2026-04-06 7/350 2026-04-06 19:50 by lijunpoly
[考研] 322求调剂 +3 嗯哼哼恒 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:52 by nepu_uu
[考研] 本科211，293分请求调剂 +8 莲菜就是藕吧 2026-04-03 9/450 2026-04-05 19:12 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 +5 好好读书。 2026-04-01 5/250 2026-04-05 17:54 by liucky
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:17 by hemengdong
[考研] 278求调剂 +14 范婷娜 2026-04-04 15/750 2026-04-04 22:15 by lqwchd
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 324求调剂 +14 想上学求调 2026-04-02 15/750 2026-04-04 20:31 by 无际的草原
[考研] 368求调剂 +5 今华习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 18:47 by imissbao
[考研] 309求调剂 +6 刘刘刘1231 2026-04-02 7/350 2026-04-04 13:41 by liucky
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +7 相信必会光芒万� 2026-04-02 7/350 2026-04-03 16:48 by rzh123456
[考研] 315求调剂 +6 顺理成张 2026-04-03 8/400 2026-04-03 14:04 by 百灵童888
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +3 cs0106 2026-04-02 5/250 2026-04-02 11:37 by olim
[考研] 302求调剂一志愿北航070300，本科郑大化学 +8 圣日耳曼条 2026-04-01 11/550 2026-04-02 07:40 by chemdavid
[考研] 材料调剂 +10 Eujd1 2026-03-31 11/550 2026-04-01 11:23 by ivanqyq
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭