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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

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[交流] 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里

输入文件如下，想计算一个有机分子在Au表面的吸附能，只用了一个Au（111）面，6个Au分子。使用VESTA软件建立的
NumberOfAtoms          21

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
      1    79    Au
      2    1    H
      3    6    C
      4    7    N
      5    8    O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType          split
PAO.BasisSize DZP
PAO.EnergyShift 200 meV

LatticeConstant 4.0782 Ang

%block Latticeparameters
   1  1  1 90. 90. 90.
%endblock

AtomicCoordinatesFormat Ang
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#  * Bohr or NotScaledCartesianBohr
#  * Ang or NotScaledCartesianAng
#  * ScaledCartesian
#  * Fractional or ScaledByLatticeVectors

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
   1.134997585    -0.865427958    2.667642299  1
   1.134997585    2.800524042    -0.998314701 1
   4.800949585    -0.865428958    -0.998314701 1
   1.055172585    1.007996042    0.875067299 1
   3.008423585    -0.945253958    0.875067299 1
   3.008397585    1.007969042    -1.078133701 1
   -1.535468291    -1.667381335    -4.616771325 3
   -2.691536984    -2.022071694    -3.918607325 3
   -0.379399598    -1.312690975    -3.918607325 3
   0.520025508    -1.036740752    -4.461780325 2
   -2.691536984    -2.022071694    -2.522277325 3
   -0.379399598    -1.312690975    -2.522277325  3
   -3.590962091    -2.298021917    -1.979104325 2
   -1.535468291    -1.667381335    -1.824113325 3
   -1.535468291    -1.667381335    -0.737766325  2
   -1.535468291    -1.667381335    -5.703118325 2
   0.895620251    -0.921505529    -1.752278409 4
   1.858789288    -0.625998200    -1.170609729 3
   -3.908601386    -2.395475984    -4.653606289  4
   -4.145020167    -3.594731572    -4.796382267  5
   -4.618939486    -1.486692354    -5.082587506  5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block GeometryConstraints
cellside z
%endblock GeometryConstraints

OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.

kgrid_cutoff          30 Ang

XC.functional GGA
XC.authors    PBE

%block kgrid_Monkhorst_pack
5 0 0 0.0
0 5 0 0.0
0 0 1 0.0
%endblock

MeshCutoff             200 Ry
MaxSCFIterations       100
DM.NumberPulay  3
DM.NumberKick          15
SolutionMethod  diagon
MD.TypeOfRun          CG
MD.NumCGsteps    800
MD.MaxCGDispl          0.2 Ang
MD.MaxForceTol  0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-18 at 12:54 ]

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1楼 2010-01-18 10:28:36

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漂泊四方

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★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+5,VIP+0):非常感谢。可以指点一下修改的方法吗，如果有时间的话 1-18 10:51

感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候肯定有作用。这个是你希望的结果么(SAMs)?

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我与我纠缠久

2楼2010-01-18 10:45:51

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minmin_0082003

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引用回帖:

Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 10:45:
感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候 ...

没有取真空层，VESTA里面设置真空层的那一项，所以就没取，老板只让我用一层，说这样可以早点出结果。解决的方法是不是增加层数，或者是固定衬底。如果这个是错误的，该怎么修改才正确呢。对于第三个覆盖度的问题。应该是又三种情况吧，但是本人实在是愚钝，文献看不明白atop之类还有覆盖度是1或者1/3又是该怎么设置。请大侠指点

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3楼2010-01-18 10:50:41

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zhangfan2192

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★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+3,VIP+0):谢谢，3层的话估计要耗我好几个月才能做完，siesta没有并行。 1-18 11:26
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 1-18 19:45

有机分子太大了，表面太小取4*4的表面都感觉有点小。
至于真空层是肯定要取的，大概10A就差不多了。
一层怎么模拟？我看到文献中最少也用三层。

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相逢是缘！

4楼2010-01-18 11:17:37

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fanchen021

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这个没法做啊，你老板应该不是做计算的吧？

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5楼2010-01-18 11:32:53

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漂泊四方

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★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+3,VIP+0):非常感谢，我上了一张图，请大家看看是否正确，跟坐标相对应的Au111 的坐标 1-18 12:53
qasd(金币+1,VIP+0):xiexie~ 1-18 19:46

引用回帖:

Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-18 10:50:

没有取真空层，VESTA里面设置真空层的那一项，所以就没取，老板只让我用一层，说这样可以早点出结果。解决的方法是不是增加层数，或者是固定衬底。如果这个是错误的，该怎么修改才正确呢。对于第三个覆盖度的问 ...

计算必须要保证模型是正确的才可以进行下去啊。
减少计算量的地方不能从减小模型来考虑。你可以减少K点，如果体系太大，完全可以只算gamma点。

另外，你的坐标也有很严重的问题。周期性扩展方向是在x,y方向。但是你的Au原子Z坐标明显高度不一致，也就是说Au（111）面不在你的扩展方向上。

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我与我纠缠久

6楼2010-01-18 11:44:26

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minmin_0082003

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引用回帖:

Originally posted by fanchen021 at 2010-1-18 11:32:
这个没法做啊，你老板应该不是做计算的吧？

老板是做计算的，但是对siesta跟surface一窍不通

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7楼2010-01-18 12:47:25

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★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+4,VIP+0):非常感谢，我就拿这个坐标去做优化去.... 1-18 14:08

PBC 8.6514 8.6514 27.0638 90.0000 90.0000  120.0000 (P1)
Au1    0.003996234 -0.002307227 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au2    0.003996234 -0.002307227 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au3    1.445893027 0.830172274 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au4    0.003996234 1.662651776 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au5    2.887789820 -0.002307227 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au6    2.887789820 -0.002307227 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au7    4.329686613 0.830172274 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au8    2.887789820 1.662651776 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au9    5.771583406 -0.002307227 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au10    5.771583406 -0.002307227 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au11    7.213480199 0.830172274 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au12    5.771583406 1.662651776 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au13 -1.437900558 2.495131277 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au14 -1.437900558 2.495131277 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au15    0.003996234 3.327610779 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au16 -1.437900558 4.160090280 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au17    1.445893027 2.495131277 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au18    1.445893027 2.495131277 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au19    2.887789820 3.327610779 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au20    1.445893027 4.160090280 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au21    4.329686613 2.495131277 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au22    4.329686613 2.495131277 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au23    5.771583406 3.327610779 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au24    4.329686613 4.160090280 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au25 -2.879797351 4.992569782 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au26 -2.879797351 4.992569782 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au27 -1.437900558 5.825049283 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au28 -2.879797351 6.657528785 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au29    0.003996234 4.992569782 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au30    0.003996234 4.992569782 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au31    1.445893027 5.825049283 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au32    0.003996234 6.657528785 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au33    2.887789820 4.992569782 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au34    2.887789820 4.992569782 8.063812162 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au35    4.329686613 5.825049283 5.709204559 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au36    2.887789820 6.657528785 3.354596956 XXXX 1    xx    Au  0.000
C1    6.863709387 -2.478773934 14.378322217 XXXX 1    xx    C 0.000
C2    5.668403242 -2.531756860 15.098161834 XXXX 1    xx    C 0.000
C3    6.840822784 -2.522024426 12.982851457 XXXX 1    xx    C 0.000
H1    7.770774051 -2.480803597 12.422813565 XXXX 1    xx    H 0.000
C4    4.450208749 -2.627990414 14.422529723 XXXX 1    xx    C 0.000
C5    5.622628292 -2.618257980 12.307219345 XXXX 1    xx    C 0.000
H2    3.520257482 -2.669211244 14.982567615 XXXX 1    xx    H 0.000
C6    4.427322146 -2.671240905 13.027058962 XXXX 1    xx    C 0.000
H3    3.479564859 -2.746110766 12.501416086 XXXX 1    xx    H 0.000
H4    7.811466674 -2.403904073 14.903965093 XXXX 1    xx    H 0.000
N1    5.597387816 -2.665958556 10.768165229 XXXX 1    xx    N 0.000
C7    5.578320785 -2.701992284 9.605540764 XXXX 1    xx    C 0.000
N2    5.692496422 -2.486224492 16.567258945 XXXX 1    xx    N 0.000
O1    5.469941897 -1.404116075 17.109479974 XXXX 1    xx    O 0.000
O2    5.933793082 -3.532913187 17.167851556 XXXX 1    xx    O 0.000

按照你这个分子搭的模型，4层，3X3的表面，把分子放进去后还是小了些。可以参考下。

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8楼2010-01-18 13:48:45

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Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 13:48:
PBC 8.6514 8.6514 27.0638 90.0000 90.0000  120.0000 (P1)
Au1    0.003996234 -0.002307227 0.999989353 XXXX 1    xx    Au  0.000
Au2    0.003996234 -0.002307227 8.0638 ...

不过请问你是用什么做的图呢？MS?额，最近查盗版软件呢，不敢用了。对了，我想问一下为什么说3X3的对于这个有机分子都小呢，判断标准又是什么？

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9楼2010-01-18 14:09:52

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