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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 14:48:


MS做的。 把单胞扩展成超单胞，测量下两个吸附分子之间距离。如果他们之间距离太小，可能就有相互作用。

非常感谢，我把下面的三层原子固定了，最后还要解开继续优化一遍吗？ kgrid_cutoff    0.0 Bohr 没有设置kgrid_Monkhorst_pack。只计算gamma点。

NumberOfAtoms           51

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
        1       79      Au
        2       1       H
        3       6       C
        4       7       N
        5       8       O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType           split
PAO.BasisSize   DZP     
PAO.EnergyShift 200 meV
  
LatticeConstant   8.6514 Ang   
  
%block Latticeparameters
       1  1  3.128   90. 90. 120.
%endblock
  
AtomicCoordinatesFormat Ang     
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#  * Bohr or NotScaledCartesianBohr
#  * Ang or NotScaledCartesianAng
#  * ScaledCartesian
#  * Fractional or ScaledByLatticeVectors
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.003996234   -0.002307227    0.999989353 1
  0.003996234   -0.002307227    8.063812162 1
  1.445893027    0.830172274    5.709204559 1
  0.003996234    1.662651776    3.354596956 1
  2.887789820   -0.002307227    0.999989353 1
  2.887789820   -0.002307227    8.063812162 1
  4.329686613    0.830172274    5.709204559 1
  2.887789820    1.662651776    3.354596956 1
  5.771583406   -0.002307227    0.999989353 1
  5.771583406   -0.002307227    8.063812162 1
  7.213480199    0.830172274    5.709204559 1
  5.771583406    1.662651776    3.354596956 1
-1.437900558    2.495131277    0.999989353 1
-1.437900558    2.495131277    8.063812162 1
  0.003996234    3.327610779    5.709204559 1
-1.437900558    4.160090280    3.354596956 1
  1.445893027    2.495131277    0.999989353 1
  1.445893027    2.495131277    8.063812162 1
  2.887789820    3.327610779    5.709204559 1
  1.445893027    4.160090280    3.354596956 1
  4.329686613    2.495131277    0.999989353 1
  4.329686613    2.495131277    8.063812162 1
  5.771583406    3.327610779    5.709204559 1
  4.329686613    4.160090280    3.354596956 1
-2.879797351    4.992569782    0.999989353 1
-2.879797351    4.992569782    8.063812162 1
-1.437900558    5.825049283    5.709204559 1
-2.879797351    6.657528785    3.354596956 1
  0.003996234    4.992569782    0.999989353 1
  0.003996234    4.992569782    8.063812162 1
  1.445893027    5.825049283    5.709204559 1
  0.003996234    6.657528785    3.354596956 1
  2.887789820    4.992569782    0.999989353 1
  2.887789820    4.992569782    8.063812162 1
  4.329686613    5.825049283    5.709204559 1
  2.887789820    6.657528785    3.354596956 1
  6.863709387   -2.478773934   14.378322217 3
  5.668403242   -2.531756860   15.098161834 3
  6.840822784   -2.522024426   12.982851457 3
  7.770774051   -2.480803597   12.422813565 2
  4.450208749   -2.627990414   14.422529723 3
  5.622628292   -2.618257980   12.307219345 3
  3.520257482   -2.669211244   14.982567615 2
  4.427322146   -2.671240905   13.027058962 3
  3.479564859   -2.746110766   12.501416086 2
  7.811466674   -2.403904073   14.903965093 2
  5.597387816   -2.665958556   10.768165229 4
  5.578320785   -2.701992284    9.605540764 3
  5.692496422   -2.486224492   16.567258945 4
  5.469941897   -1.404116075   17.109479974 5
  5.933793082   -3.532913187   17.167851556 5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
%block GeometryConstraints
Position 1
position from 3 to 5
position from 5 to 9
position from 11 to 13
position from 15 to 17
position from 19 to 21
position from 23 to 25
position from 27 to 29
position from 31 to 33
position from 35 to 36
%endblock GeometryConstraints

OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.

kgrid_cutoff    0.0 Bohr

XC.functional   GGA
XC.authors      PBE

MeshCutoff              200 Ry
MaxSCFIterations        100
DM.NumberPulay  3
DM.NumberKick           15
SolutionMethod  diagon
MD.TypeOfRun            CG
MD.NumCGsteps     800
MD.MaxCGDispl           0.2 Ang
MD.MaxForceTol  0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy

WriteCoorStep           .true.
WriteForces             .true.
WriteCoorXmol           .true.
WriteMDXmol             .true.
不过我还有一个问题这里应该考虑到吸附位置吗？，在顶位，穴位，桥位。看到一半都是顶位的能量最低，还有就是覆盖度的设置，是要通过计算体积来设置覆盖度吗，还是有其他的要求
最后的输入结构如下
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11楼2010-01-18 16:09:45
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我不太懂，来学习学习，楼主要得到什么结果？
赞一下(1人) 回复此楼
人生的最大遗憾莫过于错误地坚持了不该坚持的，轻易地放弃了不该放弃的……
12楼2010-01-18 19:05:56
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by yyx19840628 at 2010-1-18 19:05:
我不太懂，来学习学习，楼主要得到什么结果？

要得到吸附能，还没算完呢，不知道对不对
赞一下 回复此楼
13楼2010-01-18 19:09:54
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