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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里

输入文件如下，想计算一个有机分子在Au表面的吸附能，只用了一个Au（111）面，6个Au分子。使用VESTA软件建立的
NumberOfAtoms           21

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
        1       79      Au
        2       1       H
        3       6       C
        4       7       N
        5       8       O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType           split
PAO.BasisSize   DZP
PAO.EnergyShift 200 meV

LatticeConstant   4.0782 Ang

%block Latticeparameters
       1  1  1   90. 90. 90.
%endblock

AtomicCoordinatesFormat Ang
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#  * Bohr or NotScaledCartesianBohr
#  * Ang or NotScaledCartesianAng
#  * ScaledCartesian
#  * Fractional or ScaledByLatticeVectors

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
       1.134997585     -0.865427958      2.667642299  1
       1.134997585      2.800524042     -0.998314701 1
       4.800949585     -0.865428958     -0.998314701 1
       1.055172585      1.007996042      0.875067299 1
       3.008423585     -0.945253958      0.875067299 1
       3.008397585      1.007969042     -1.078133701 1
      -1.535468291     -1.667381335     -4.616771325 3
      -2.691536984     -2.022071694     -3.918607325 3
      -0.379399598     -1.312690975     -3.918607325 3
       0.520025508     -1.036740752     -4.461780325 2
      -2.691536984     -2.022071694     -2.522277325 3
      -0.379399598     -1.312690975     -2.522277325  3
      -3.590962091     -2.298021917     -1.979104325 2
      -1.535468291     -1.667381335     -1.824113325 3
      -1.535468291     -1.667381335     -0.737766325  2
      -1.535468291     -1.667381335     -5.703118325 2
       0.895620251     -0.921505529     -1.752278409 4
       1.858789288     -0.625998200     -1.170609729 3
      -3.908601386     -2.395475984     -4.653606289  4
      -4.145020167     -3.594731572     -4.796382267  5
      -4.618939486     -1.486692354     -5.082587506  5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block GeometryConstraints
cellside z
%endblock GeometryConstraints

OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.

kgrid_cutoff            30 Ang

XC.functional   GGA
XC.authors      PBE

%block kgrid_Monkhorst_pack
5 0 0 0.0
0 5 0 0.0
0 0 1 0.0
%endblock

MeshCutoff              200 Ry
MaxSCFIterations        100
DM.NumberPulay  3
DM.NumberKick           15
SolutionMethod  diagon
MD.TypeOfRun            CG
MD.NumCGsteps     800
MD.MaxCGDispl           0.2 Ang
MD.MaxForceTol  0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-18 at 12:54 ]
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1楼 2010-01-18 10:28:36
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 14:48:


MS做的。 把单胞扩展成超单胞，测量下两个吸附分子之间距离。如果他们之间距离太小，可能就有相互作用。

非常感谢，我把下面的三层原子固定了，最后还要解开继续优化一遍吗？ kgrid_cutoff    0.0 Bohr 没有设置kgrid_Monkhorst_pack。只计算gamma点。

NumberOfAtoms           51

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
        1       79      Au
        2       1       H
        3       6       C
        4       7       N
        5       8       O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType           split
PAO.BasisSize   DZP     
PAO.EnergyShift 200 meV
  
LatticeConstant   8.6514 Ang   
  
%block Latticeparameters
       1  1  3.128   90. 90. 120.
%endblock
  
AtomicCoordinatesFormat Ang     
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#  * Bohr or NotScaledCartesianBohr
#  * Ang or NotScaledCartesianAng
#  * ScaledCartesian
#  * Fractional or ScaledByLatticeVectors
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.003996234   -0.002307227    0.999989353 1
  0.003996234   -0.002307227    8.063812162 1
  1.445893027    0.830172274    5.709204559 1
  0.003996234    1.662651776    3.354596956 1
  2.887789820   -0.002307227    0.999989353 1
  2.887789820   -0.002307227    8.063812162 1
  4.329686613    0.830172274    5.709204559 1
  2.887789820    1.662651776    3.354596956 1
  5.771583406   -0.002307227    0.999989353 1
  5.771583406   -0.002307227    8.063812162 1
  7.213480199    0.830172274    5.709204559 1
  5.771583406    1.662651776    3.354596956 1
-1.437900558    2.495131277    0.999989353 1
-1.437900558    2.495131277    8.063812162 1
  0.003996234    3.327610779    5.709204559 1
-1.437900558    4.160090280    3.354596956 1
  1.445893027    2.495131277    0.999989353 1
  1.445893027    2.495131277    8.063812162 1
  2.887789820    3.327610779    5.709204559 1
  1.445893027    4.160090280    3.354596956 1
  4.329686613    2.495131277    0.999989353 1
  4.329686613    2.495131277    8.063812162 1
  5.771583406    3.327610779    5.709204559 1
  4.329686613    4.160090280    3.354596956 1
-2.879797351    4.992569782    0.999989353 1
-2.879797351    4.992569782    8.063812162 1
-1.437900558    5.825049283    5.709204559 1
-2.879797351    6.657528785    3.354596956 1
  0.003996234    4.992569782    0.999989353 1
  0.003996234    4.992569782    8.063812162 1
  1.445893027    5.825049283    5.709204559 1
  0.003996234    6.657528785    3.354596956 1
  2.887789820    4.992569782    0.999989353 1
  2.887789820    4.992569782    8.063812162 1
  4.329686613    5.825049283    5.709204559 1
  2.887789820    6.657528785    3.354596956 1
  6.863709387   -2.478773934   14.378322217 3
  5.668403242   -2.531756860   15.098161834 3
  6.840822784   -2.522024426   12.982851457 3
  7.770774051   -2.480803597   12.422813565 2
  4.450208749   -2.627990414   14.422529723 3
  5.622628292   -2.618257980   12.307219345 3
  3.520257482   -2.669211244   14.982567615 2
  4.427322146   -2.671240905   13.027058962 3
  3.479564859   -2.746110766   12.501416086 2
  7.811466674   -2.403904073   14.903965093 2
  5.597387816   -2.665958556   10.768165229 4
  5.578320785   -2.701992284    9.605540764 3
  5.692496422   -2.486224492   16.567258945 4
  5.469941897   -1.404116075   17.109479974 5
  5.933793082   -3.532913187   17.167851556 5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
%block GeometryConstraints
Position 1
position from 3 to 5
position from 5 to 9
position from 11 to 13
position from 15 to 17
position from 19 to 21
position from 23 to 25
position from 27 to 29
position from 31 to 33
position from 35 to 36
%endblock GeometryConstraints

OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.

kgrid_cutoff    0.0 Bohr

XC.functional   GGA
XC.authors      PBE

MeshCutoff              200 Ry
MaxSCFIterations        100
DM.NumberPulay  3
DM.NumberKick           15
SolutionMethod  diagon
MD.TypeOfRun            CG
MD.NumCGsteps     800
MD.MaxCGDispl           0.2 Ang
MD.MaxForceTol  0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy

WriteCoorStep           .true.
WriteForces             .true.
WriteCoorXmol           .true.
WriteMDXmol             .true.
不过我还有一个问题这里应该考虑到吸附位置吗？，在顶位，穴位，桥位。看到一半都是顶位的能量最低，还有就是覆盖度的设置，是要通过计算体积来设置覆盖度吗，还是有其他的要求
最后的输入结构如下
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11楼2010-01-18 16:09:45
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漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+5,VIP+0):非常感谢。可以指点一下修改的方法吗，如果有时间的话 1-18 10:51
感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候肯定有作用。这个是你希望的结果么(SAMs)?
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我与我纠缠久
2楼2010-01-18 10:45:51
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 10:45:
感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候 ...

没有取真空层，VESTA里面设置真空层的那一项，所以就没取， 老板只让我用一层，说这样可以早点出结果。解决的方法是不是增加层数，或者是固定衬底。如果这个是错误的，该怎么修改才正确呢。对于第三个覆盖度的问题。应该是又三种情况吧，但是本人实在是愚钝，文献看不明白atop之类还有覆盖度是1或者1/3又是该怎么设置。请大侠指点
赞一下 回复此楼
3楼2010-01-18 10:50:41
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+3,VIP+0):谢谢，3层的话估计要耗我好几个月才能做完，siesta没有并行。 1-18 11:26
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 1-18 19:45
有机分子太大了，表面太小 取4*4的表面都感觉有点小。
至于真空层 是肯定要取的，大概10A就差不多了。
一层怎么模拟？我看到文献中最少也用三层。
赞一下(12人) 回复此楼
相逢是缘！
4楼2010-01-18 11:17:37
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