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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】已经修改过很多遍，但是算完后表面结构完全扭曲了，请大家看看错误到底在哪里

输入文件如下，想计算一个有机分子在Au表面的吸附能，只用了一个Au（111）面，6个Au分子。使用VESTA软件建立的
NumberOfAtoms           21

NumberOfSpecies 5

%block ChemicalSpeciesLabel
        1       79      Au
        2       1       H
        3       6       C
        4       7       N
        5       8       O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

PAO.BasisType           split
PAO.BasisSize   DZP
PAO.EnergyShift 200 meV

LatticeConstant   4.0782 Ang

%block Latticeparameters
       1  1  1   90. 90. 90.
%endblock

AtomicCoordinatesFormat Ang
# Default value: NotScaledCartesianBohr
#  * Bohr or NotScaledCartesianBohr
#  * Ang or NotScaledCartesianAng
#  * ScaledCartesian
#  * Fractional or ScaledByLatticeVectors

%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
       1.134997585     -0.865427958      2.667642299  1
       1.134997585      2.800524042     -0.998314701 1
       4.800949585     -0.865428958     -0.998314701 1
       1.055172585      1.007996042      0.875067299 1
       3.008423585     -0.945253958      0.875067299 1
       3.008397585      1.007969042     -1.078133701 1
      -1.535468291     -1.667381335     -4.616771325 3
      -2.691536984     -2.022071694     -3.918607325 3
      -0.379399598     -1.312690975     -3.918607325 3
       0.520025508     -1.036740752     -4.461780325 2
      -2.691536984     -2.022071694     -2.522277325 3
      -0.379399598     -1.312690975     -2.522277325  3
      -3.590962091     -2.298021917     -1.979104325 2
      -1.535468291     -1.667381335     -1.824113325 3
      -1.535468291     -1.667381335     -0.737766325  2
      -1.535468291     -1.667381335     -5.703118325 2
       0.895620251     -0.921505529     -1.752278409 4
       1.858789288     -0.625998200     -1.170609729 3
      -3.908601386     -2.395475984     -4.653606289  4
      -4.145020167     -3.594731572     -4.796382267  5
      -4.618939486     -1.486692354     -5.082587506  5
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block GeometryConstraints
cellside z
%endblock GeometryConstraints

OptialCalculation .true.
Optical.EnergyMinimum 0 Ry
optical.energyMaximum 30 Ry
optical.broaden 0.05ev
Slabdipolecorrection .true.

kgrid_cutoff            30 Ang

XC.functional   GGA
XC.authors      PBE

%block kgrid_Monkhorst_pack
5 0 0 0.0
0 5 0 0.0
0 0 1 0.0
%endblock

MeshCutoff              200 Ry
MaxSCFIterations        100
DM.NumberPulay  3
DM.NumberKick           15
SolutionMethod  diagon
MD.TypeOfRun            CG
MD.NumCGsteps     800
MD.MaxCGDispl           0.2 Ang
MD.MaxForceTol  0.02 eV/Ang
PAO.energy shift 5mRy

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-18 at 12:54 ]
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1楼 2010-01-18 10:28:36
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漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+4,VIP+0):非常感谢，我就拿这个坐标去做优化去.... 1-18 14:08
PBC    8.6514    8.6514   27.0638   90.0000   90.0000  120.0000 (P1)
Au1      0.003996234   -0.002307227    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au2      0.003996234   -0.002307227    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au3      1.445893027    0.830172274    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au4      0.003996234    1.662651776    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au5      2.887789820   -0.002307227    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au6      2.887789820   -0.002307227    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au7      4.329686613    0.830172274    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au8      2.887789820    1.662651776    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au9      5.771583406   -0.002307227    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au10     5.771583406   -0.002307227    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au11     7.213480199    0.830172274    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au12     5.771583406    1.662651776    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au13    -1.437900558    2.495131277    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au14    -1.437900558    2.495131277    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au15     0.003996234    3.327610779    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au16    -1.437900558    4.160090280    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au17     1.445893027    2.495131277    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au18     1.445893027    2.495131277    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au19     2.887789820    3.327610779    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au20     1.445893027    4.160090280    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au21     4.329686613    2.495131277    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au22     4.329686613    2.495131277    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au23     5.771583406    3.327610779    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au24     4.329686613    4.160090280    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au25    -2.879797351    4.992569782    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au26    -2.879797351    4.992569782    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au27    -1.437900558    5.825049283    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au28    -2.879797351    6.657528785    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au29     0.003996234    4.992569782    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au30     0.003996234    4.992569782    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au31     1.445893027    5.825049283    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au32     0.003996234    6.657528785    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au33     2.887789820    4.992569782    0.999989353 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au34     2.887789820    4.992569782    8.063812162 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au35     4.329686613    5.825049283    5.709204559 XXXX 1      xx      Au  0.000
Au36     2.887789820    6.657528785    3.354596956 XXXX 1      xx      Au  0.000
C1       6.863709387   -2.478773934   14.378322217 XXXX 1      xx      C   0.000
C2       5.668403242   -2.531756860   15.098161834 XXXX 1      xx      C   0.000
C3       6.840822784   -2.522024426   12.982851457 XXXX 1      xx      C   0.000
H1       7.770774051   -2.480803597   12.422813565 XXXX 1      xx      H   0.000
C4       4.450208749   -2.627990414   14.422529723 XXXX 1      xx      C   0.000
C5       5.622628292   -2.618257980   12.307219345 XXXX 1      xx      C   0.000
H2       3.520257482   -2.669211244   14.982567615 XXXX 1      xx      H   0.000
C6       4.427322146   -2.671240905   13.027058962 XXXX 1      xx      C   0.000
H3       3.479564859   -2.746110766   12.501416086 XXXX 1      xx      H   0.000
H4       7.811466674   -2.403904073   14.903965093 XXXX 1      xx      H   0.000
N1       5.597387816   -2.665958556   10.768165229 XXXX 1      xx      N   0.000
C7       5.578320785   -2.701992284    9.605540764 XXXX 1      xx      C   0.000
N2       5.692496422   -2.486224492   16.567258945 XXXX 1      xx      N   0.000
O1       5.469941897   -1.404116075   17.109479974 XXXX 1      xx      O   0.000
O2       5.933793082   -3.532913187   17.167851556 XXXX 1      xx      O   0.000



按照你这个分子搭的模型，4层，3X3的表面，把分子放进去后还是小了些。可以参考下。
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我与我纠缠久
8楼2010-01-18 13:48:45
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漂泊四方

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+5,VIP+0):非常感谢。可以指点一下修改的方法吗，如果有时间的话 1-18 10:51
感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候肯定有作用。这个是你希望的结果么(SAMs)?
赞一下(3人) 回复此楼
我与我纠缠久
2楼2010-01-18 10:45:51
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by 漂泊四方 at 2010-1-18 10:45:
感觉问题比较多。

1. 真空层有取么？
2. Au的层数太少，当然固定衬底的方法也有问题。这个是你表面扭曲的原因。
3. 周期性模型的覆盖度的问题。你这个分子比较大，单胞之间的有机分子在你这个单胞大小的时候 ...

没有取真空层，VESTA里面设置真空层的那一项，所以就没取， 老板只让我用一层，说这样可以早点出结果。解决的方法是不是增加层数，或者是固定衬底。如果这个是错误的，该怎么修改才正确呢。对于第三个覆盖度的问题。应该是又三种情况吧，但是本人实在是愚钝，文献看不明白atop之类还有覆盖度是1或者1/3又是该怎么设置。请大侠指点
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3楼2010-01-18 10:50:41
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
minmin_0082003(金币+3,VIP+0):谢谢，3层的话估计要耗我好几个月才能做完，siesta没有并行。 1-18 11:26
qasd(金币+2,VIP+0):xiexie~ 1-18 19:45
有机分子太大了，表面太小 取4*4的表面都感觉有点小。
至于真空层 是肯定要取的，大概10A就差不多了。
一层怎么模拟？我看到文献中最少也用三层。
赞一下(12人) 回复此楼
相逢是缘！
4楼2010-01-18 11:17:37
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