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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【分享】重发一个Amber9,求个Amber10
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克罗米虎

金虫 (小有名气)

[资源] 【分享】重发一个Amber9,求个Amber10

如题
TGZ格式:
http://d.namipan.com/d/AMBER9.TG ... ef23ade8f7d11cc3e05
RPM格式:
http://d.namipan.com/d/Amber9.rp ... 42df9c04f4dc703da05
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1楼 2010-01-14 20:38:23
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克罗米虎

金虫 (小有名气)
这么多天终于有人沙发了~感动~
赞一下 回复此楼
3楼2010-01-19 12:15:27
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janetfull

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

沙发吗？十分感谢，下载了先看看
赞一下 回复此楼
2楼2010-01-19 09:33:33
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yyx19840628

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢你了。请问怎么安装
赞一下 回复此楼
5楼2010-01-29 14:29:11
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克罗米虎

金虫 (小有名气)

不同系统装法有细微区别

★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-03-18 12:04
ubuntu AMBER 9安装

1．安装第一步

(1)把AMBER9.TGZ文件拷贝到/usr/local/

#cp–rf /media/AMBER9/AMBER.TGZ /usr/local/

(2)把AMBER9解压到/usr/local/amber9

#tar –zxvf AMBER9.TGZ  

2．打上bugfix.all补丁

到http://amber.scripps.edu下载

(1)把bugfix.all拷贝到/usr/local/amber9目录下面

#cp–rf bugfix.all /usr/local/amber9

(2)
cd  /usr/local/amber9
patch -p0 -N -r patch-rejects
3．安装INTEL编译器intel fortran和intel c++

从以下地址下载
https://registrationcenter.intel ... aspx?productid=1308
https://registrationcenter.intel ... aspx?productid=1322

记住序列号
解压文件并执行

#./install.sh ；按说明一步一步安装，默认安装在/opt/intel

将libstdc++.so.5拷贝到/usr/lib/


4．设置编译器环境
sudo chmod -R 777 /etc/profile
sudo gedit /etc/profile

加入并保存以下三行
export AMBERHOME="/usr/local/amber"
source /opt/intel/对应版本号的目录/bin/ifortvars.sh ia32
source /opt/intel/对应版本号的目录/bin/iccvars.sh ia32

保存并重启系统

5．进入AMBERHOME/src

#cd $AMBERHOME/src

#./configure ifort_ia32

#make serial

6．测试基本的AMBER

#cd$AMBERHOME/test

make test
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6楼2010-01-30 00:50:56
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