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tangqiaoling

[交流] 【求助/交流】引物设计问题

本人欲扩增某一物种的线粒体基因组,但到目前为止在NCBI上搜索到与该物种相近的物种的线粒体仅2种(亲缘关系不是最近),且比对他们的同源性仅75%左右,且同源的碱基排列是间隔的,不存在10个碱基以上的同源性序列,请问各位大虾,这样该如何设计引物?谢谢!
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
10个就够了,设计简并引物,尽量将简并区域设计到5‘端,3’端尽量保守,简并度不要太高,尽量不超过16,跑出条带(可能多条)后切胶回收目的条带,测序,重新设计特异性引物

简并引物不是很容易找到目的条带,可以设计巢式PCR,巢式的结果一般会扩增出目的条带,因为基因组中,两段引物都符合的位点很少,基本上能扩增出来就是目的片段了
3楼2010-01-14 10:03:47
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
相近到什么程度?属?科?
表述不清很难回答的。
海纳百川止于至善
2楼2010-01-13 22:59:45
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zxy7576

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-01-14 10:03:47:
10个就够了,设计简并引物,尽量将简并区域设计到5‘端,3’端尽量保守,简并度不要太高,尽量不超过16,跑出条带(可能多条)后切胶回收目的条带,测序,重新设计特异性引物

简并引物不是很容易找到目的条带, ...

学习了~谢谢~
不论什么时候,什么处境,都不要忘记自己最初的梦想!
4楼2010-01-29 21:45:43
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kit256


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
简并引物,巢式pcr。没有别的办法。
5楼2010-01-31 22:41:05
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