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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计问题
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tangqiaoling

[交流] 【求助/交流】引物设计问题

本人欲扩增某一物种的线粒体基因组，但到目前为止在NCBI上搜索到与该物种相近的物种的线粒体仅2种（亲缘关系不是最近），且比对他们的同源性仅75%左右，且同源的碱基排列是间隔的，不存在10个碱基以上的同源性序列，请问各位大虾，这样该如何设计引物？谢谢！
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1楼 2010-01-13 22:36:46
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
相近到什么程度？属？科？
表述不清很难回答的。
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海纳百川止于至善
2楼2010-01-13 22:59:45
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
10个就够了，设计简并引物，尽量将简并区域设计到5‘端，3’端尽量保守，简并度不要太高，尽量不超过16，跑出条带（可能多条）后切胶回收目的条带，测序，重新设计特异性引物

简并引物不是很容易找到目的条带，可以设计巢式PCR，巢式的结果一般会扩增出目的条带，因为基因组中，两段引物都符合的位点很少，基本上能扩增出来就是目的片段了
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3楼2010-01-14 10:03:47
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zxy7576

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-01-14 10:03:47:
10个就够了，设计简并引物，尽量将简并区域设计到5‘端，3’端尽量保守，简并度不要太高，尽量不超过16，跑出条带（可能多条）后切胶回收目的条带，测序，重新设计特异性引物

简并引物不是很容易找到目的条带， ...

学习了~谢谢~
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不论什么时候，什么处境，都不要忘记自己最初的梦想！
4楼2010-01-29 21:45:43
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kit256

★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
简并引物，巢式pcr。没有别的办法。
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5楼2010-01-31 22:41:05
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