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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用DS中的Verify 3D时出错

本人用ICM这个软件对一蛋白进行模建,结果只能保存为mol2格式,想用DS中的Verify 3D做一下打分,看看ICM模建的如何,开始无法读取蛋白。我就只好把mol2格式转化为pdb格式,可是结果出错。
我再仔细的检查了一下pdb文件(用写字板打开),发现里面默认的氨基酸居然全都是ASN,雷倒。请问这是怎么会是?
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-14 10:15
不同软件之间转换不同格式,经常会出现这样现象,你只能在ICM中,去掉H等,存成pdb格式,你为何所有操作不在InsightII中进行。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2010-01-14 06:32:44
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-1-14 06:32:
不同软件之间转换不同格式,经常会出现这样现象,你只能在ICM中,去掉H等,存成pdb格式,你为何所有操作不在InsightII中进行。

只是想随便玩玩,没想到会出现问题。谢谢您的回答。
3楼2010-01-14 09:53:27
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-14 15:28
有没有直接打开mol2来看?

理论上标准mol2转标准pdb应该没问题的吧?是不是具体软件对某些残基或原子类型编号不兼容
4楼2010-01-14 12:55:38
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