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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用DS中的Verify 3D时出错
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用DS中的Verify 3D时出错

本人用ICM这个软件对一蛋白进行模建，结果只能保存为mol2格式，想用DS中的Verify 3D做一下打分，看看ICM模建的如何，开始无法读取蛋白。我就只好把mol2格式转化为pdb格式，可是结果出错。
我再仔细的检查了一下pdb文件（用写字板打开），发现里面默认的氨基酸居然全都是ASN，雷倒。请问这是怎么会是？
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1楼 2010-01-13 22:17:08
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-14 10:15
不同软件之间转换不同格式，经常会出现这样现象，你只能在ICM中，去掉H等，存成pdb格式，你为何所有操作不在InsightII中进行。
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2010-01-14 06:32:44
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-1-14 06:32:
不同软件之间转换不同格式，经常会出现这样现象，你只能在ICM中，去掉H等，存成pdb格式，你为何所有操作不在InsightII中进行。

只是想随便玩玩，没想到会出现问题。谢谢您的回答。
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3楼2010-01-14 09:53:27
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-14 15:28
有没有直接打开mol2来看？

理论上标准mol2转标准pdb应该没问题的吧？是不是具体软件对某些残基或原子类型编号不兼容
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2010-01-14 12:55:38
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