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abing_1981

至尊木虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】amber平均结构问题

请教做了四步动力学模拟,得到a-md2.mdcrd, a-md3.mdcrd, a-md4.mdcrd 和 a-md5.mdcrd文件,这四步模拟时间分别为0.2 ns, 2 ns, 2 ns, 1.8 ns.想得到最后3 ns的平均结构,应该怎么做?望高手详细解答,金币奉上.

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1楼 2010-01-13 16:47:37

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jbolid

金虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-01-29 10:46
abing_1981(金币+16): 2010-01-29 17:04

首先你需要将所有的mdcrd文件合成一个文件：mdcrd_to_binpos.ptraj
   #mdcrd_to_binpos.ptraj
      trajin  a-md2.mdcrd
      trajin  a-md3.mdcrd
      trajin  a-md4.mdcrd
      trajin  a-md5.mdcrd
      trajout amd1-5.binpos binpos
运行  ptraj ***.prmtop mdcrd_to_binpos.out  得到amd1-5.binpos 的整合文件

你的mdcrd文件中一共有6ns的轨迹记录，再重新写一个average_3-6_crd.ptraj文件
               # average_3-6_crd.ptraj
                           trajin  amd1-5.binpos  3000 6000
                           rms first mass @C,CA,N
                           average equil_average_3-6.pdb pdb
运行 ptraj ***.prmtop
就可以了