| 查看: 693 | 回复: 3 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
abing_1981至尊木虫 (著名写手)
|
[交流]
【求助】amber平均结构问题
|
||
| 请教做了四步动力学模拟,得到a-md2.mdcrd, a-md3.mdcrd, a-md4.mdcrd 和 a-md5.mdcrd文件,这四步模拟时间分别为0.2 ns, 2 ns, 2 ns, 1.8 ns.想得到最后3 ns的平均结构,应该怎么做?望高手详细解答,金币奉上. |
回复此楼» 猜你喜欢
有谁可曾问过你过的还好吗？
已经有21人回复
-
E0414, 我的本子有没有希望？
已经有7人回复
-
一篇论文同时出现在两个期刊，一模一样，这算不算学术不端，请各位老师斧正。
已经有12人回复
-
希望面上有个好结果
已经有7人回复
-
三区计算机方向期刊推荐
已经有5人回复
-
sci论文二审求助
已经有5人回复
-
函评
已经有7人回复
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-01-29 10:46
abing_1981(金币+16): 2010-01-29 17:04
lei0736(金币+4):谢谢 2010-01-29 10:46
abing_1981(金币+16): 2010-01-29 17:04
|
首先你需要将所有的mdcrd文件合成一个文件：mdcrd_to_binpos.ptraj #mdcrd_to_binpos.ptraj trajin a-md2.mdcrd trajin a-md3.mdcrd trajin a-md4.mdcrd trajin a-md5.mdcrd trajout amd1-5.binpos binpos 运行 ptraj ***.prmtop 你的mdcrd文件中一共有6ns的轨迹记录，再重新写一个average_3-6_crd.ptraj文件 # average_3-6_crd.ptraj trajin amd1-5.binpos 3000 6000 rms first mass @C,CA,N average equil_average_3-6.pdb pdb 运行 ptraj ***.prmtop 就可以了 |
2楼2010-01-29 10:26:51
minbad
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 1209.6
- 散金: 20
- 红花: 1
- 帖子: 609
- 在线: 80.1小时
- 虫号: 235223
- 注册: 2006-04-01
- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
3楼2010-03-26 17:05:43
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-26 20:22
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-26 20:22
|
本帖内容被屏蔽 |
4楼2010-03-26 19:13:56