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abing_1981至尊木虫 (著名写手)
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【求助】amber平均结构问题
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| 请教做了四步动力学模拟,得到a-md2.mdcrd, a-md3.mdcrd, a-md4.mdcrd 和 a-md5.mdcrd文件,这四步模拟时间分别为0.2 ns, 2 ns, 2 ns, 1.8 ns.想得到最后3 ns的平均结构,应该怎么做?望高手详细解答,金币奉上. |
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lei0736(金币+4):谢谢 2010-01-29 10:46
abing_1981(金币+16): 2010-01-29 17:04
lei0736(金币+4):谢谢 2010-01-29 10:46
abing_1981(金币+16): 2010-01-29 17:04
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首先你需要将所有的mdcrd文件合成一个文件：mdcrd_to_binpos.ptraj #mdcrd_to_binpos.ptraj trajin a-md2.mdcrd trajin a-md3.mdcrd trajin a-md4.mdcrd trajin a-md5.mdcrd trajout amd1-5.binpos binpos 运行 ptraj ***.prmtop 你的mdcrd文件中一共有6ns的轨迹记录，再重新写一个average_3-6_crd.ptraj文件 # average_3-6_crd.ptraj trajin amd1-5.binpos 3000 6000 rms first mass @C,CA,N average equil_average_3-6.pdb pdb 运行 ptraj ***.prmtop 就可以了 |
2楼2010-01-29 10:26:51
minbad
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
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- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
3楼2010-03-26 17:05:43
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-26 20:22
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-26 20:22
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4楼2010-03-26 19:13:56