【求助】求一篇讨论分子动力学可以计算多少原子数的文献 - 分子模拟 - DS/Sybyl/Autodock

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楼1970-01-01 08:00:00

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老虎大王

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 17
应助: 26 (小学生)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+5,VIP+0):多谢回帖交流！ 1-12 16:16

既然你给了我这么多金币，我就多给你讲一点吧。：）

Md的原理中并没有对体系中的原子数做出任何限制。这个所计算的原子数的多少，主要是取决于硬件情况，具体说，就是计算机的处理速度和存储量的大小。其中，存储量是一个绝对的限制指标，你存不下那么多原子的位置速度受力等信息，你就算不了那么多原子。比如一个摩尔的原子，你要多大的硬盘来存它们的信息？至于速度，这是一个相对的指标，以你和机器能够忍受的时间为限。如果你算一个很大的体系，计算机要运算一年才能出结果，你能忍受吗？你的机器质量如何？这样高负荷运算一年，会不会坏掉？

当前的高性能计算，除了研究加快单个处理器的运算速度之外，主要是以并行计算为主。并行的规模可以很大。这样，MD计算可以处理的原子数，就跟你的机器的并行规模有关系。

此外，在硬件条件一定的情况下，你所采用的Md的算法不同，所能处理的原子数也不同。我们知道，积分运动方程的各种方法，所需要的中间变量的存储量是不同的，计算的次数也不同，这样，如果你采用了较为节省内存和较为省时的算法，则可以在硬件条件一定的情况下，争取多处理一些原子。同时，你使用的并行化方法不同，计算的效率也不一样。

举一个实在的例子，著名的DLPOLY软件，有DLPOLY2和DLPOLY3两个版本。
DLPOLY2的并行化方法使用的是 Replicated Data (RD) 策略，它适用于在100个左右的处理器上模拟大约3万左右的原子。DLPOLY3的并行化则基于Domain Decomposition (DD)方法，较适用于在几个到上千个处理器上计算数千至十亿（10的9次方量级）的原子。