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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】求一篇讨论分子动力学可以计算多少原子数的文献
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wthpl

[交流] 【求助】求一篇讨论分子动力学可以计算多少原子数的文献

谢谢，在线等
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1楼 2010-01-12 10:11:29
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-12 11:51
wthpl(金币+5,VIP+0): 1-12 14:59
范围太广了，MD现在做的系统可以很大了。
几百个原子也是可以的。

所以你想搜索文献 最好给出具体题目
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2楼2010-01-12 11:35:08
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-12 11:51
wthpl(金币+5,VIP+0): 1-12 14:59
这个无上限, 看计算资源部的大小了.
好像世界上最快的计算机之一就是研究动力学的,原子数以亿计.
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3楼2010-01-12 11:35:26
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wthpl

引用回帖:
Originally posted by tianlangxingaa at 2010-1-12 11:35:
范围太广了，MD现在做的系统可以很大了。
几百个原子也是可以的。

所以你想搜索文献 最好给出具体题目

我也知道很广，我们老师让我找的，我都晕了，只是看看有没有人看过类似的文献。
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4楼2010-01-12 11:51:48
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
wthpl(金币+5,VIP+0): 1-12 14:59
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-12 17:03
建议看看个大服务器所在实验市的文章。ORNL，LBNL，LANL 等等，也许能找到
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5楼2010-01-12 12:00:16
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
wthpl(金币+5,VIP+0): 1-12 14:59
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-12 17:03
你们老师怎么叫你们找这文章？谁会专门讨论这个？这个是看编程情况和硬件情况的。
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6楼2010-01-12 12:05:37
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+5,VIP+0):多谢回帖交流！ 1-12 16:16
既然你给了我这么多金币，我就多给你讲一点吧。：）

Md的原理中并没有对体系中的原子数做出任何限制。这个所计算的原子数的多少，主要是取决于硬件情况，具体说，就是计算机的处理速度和存储量的大小。其中，存储量是一个绝对的限制指标，你存不下那么多原子的位置速度受力等信息，你就算不了那么多原子。比如一个摩尔的原子，你要多大的硬盘来存它们的信息？至于速度，这是一个相对的指标，以你和机器能够忍受的时间为限。如果你算一个很大的体系，计算机要运算一年才能出结果，你能忍受吗？你的机器质量如何？这样高负荷运算一年，会不会坏掉？

当前的高性能计算，除了研究加快单个处理器的运算速度之外，主要是以并行计算为主。并行的规模可以很大。这样，MD计算可以处理的原子数，就跟你的机器的并行规模有关系。

此外，在硬件条件一定的情况下，你所采用的Md的算法不同，所能处理的原子数也不同。我们知道，积分运动方程的各种方法，所需要的中间变量的存储量是不同的，计算的次数也不同，这样，如果你采用了较为节省内存和较为省时的算法，则可以在硬件条件一定的情况下，争取多处理一些原子。同时，你使用的并行化方法不同，计算的效率也不一样。

举一个实在的例子，著名的DLPOLY软件，有DLPOLY2和DLPOLY3两个版本。
DLPOLY2的并行化方法使用的是 Replicated Data (RD) 策略， 它适用于在100个左右的处理器上模拟大约3万左右的原子。DLPOLY3的并行化则基于Domain Decomposition (DD)方法，较适用于在几个到上千个处理器上计算数千至十亿（10的9次方量级）的原子。
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7楼2010-01-12 17:32:33
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+2,VIP+0):你写了这么多，应该要额外奖励的，呵呵！ 1-12 16:17
我晕。你给每个人都发了5个金币啊。我以为就给我自己发了，我不多说一点不好意思。
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8楼2010-01-12 17:39:46
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