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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用DS做同源模建后的工作有哪些？
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】用DS做同源模建后的工作有哪些？

1.用DS做完了同源模建，再进行哪些工作能提高工作的水平（就是能发个好文章）？
2.同源模建后的评分要看哪些指标呢？只看一下拉式图就行了吗？
我用DS中的verify 3D进行了打分，得分是151，软件给出的最高分是169，最低分是76。这样的结果能接受吗？
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1楼 2010-01-10 00:12:49
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-10 20:18
1。作些生物试验，验证你搭的模型合理性，比如两个蛋白结合部位的氨基酸突变。。。
2。verify3D就可以，但是主要还是用生物试验来验证。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2010-01-10 07:32:39
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-10 20:18
模型最好跑一下动力学，看到很多DS文献上的同源建模之后都要跑动力学的
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3楼2010-01-10 12:12:06
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syfnet

新虫 (初入文坛)
★
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跑动力学后变化比较大，拿模板蛋白跑也有很大变化。那么动力学还可信吗？
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4楼2010-01-11 19:51:27
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lyfxie8607

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by syfnet at 2010-1-11 19:51:
跑动力学后变化比较大，拿模板蛋白跑也有很大变化。那么动力学还可信吗？

这位虫友，似乎你的帖子发错位置了。
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5楼2010-01-11 21:04:21
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syfnet

新虫 (初入文坛)
★
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对于verify3D结果不好的氨基酸，如何优化一下？
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6楼2010-01-12 17:57:30
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fiend_wing_bo

银虫 (小有名气)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-14 16:27
还可以看一下ramachandran plot
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努力，拼搏
7楼2010-03-09 21:33:27
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hug_wind

新虫 (初入文坛)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-14 16:27
151的得分挺高的。
后续步骤一般还包括Loop区的优化以及侧链构象优化，特别注意蛋白活性口袋部位
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8楼2010-03-14 16:23:43
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