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【求助】蛋白质和药物对接如何准备受体和配体文件？
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刚接触学习autodock4.0，尝试蛋白质和药物对接，试用出现很多问题请高手指教： 1： 如何准备受体和配体文件？二者输入形式必须都是。pdb文件吗？？是直接输入从蛋白网下载的受体。pdb文件吗？？是在autodock4.0种就能直接除水加氢处理呢？？？还是看有的帖子说要用chimera准备受体？?是用chemdraw画药的结构，在通过chembiooffice转化成3D结构输入吗？？ 看文献说受体和配体在sybyl软件里能直接处理，但是这个软件是不是只能在Linux系统下运行啊？？，我们用的windows系统，有没有好的处理受体配体的方法啊？ 2:如何准备autogrid的参数？ number of points in x ，y ，z-dimension 以及 x，y，在，-center 的值都该根据什么设定呀？ 3：如何寻找受体的作用点呀？蛋白质和药物对接，是不是一般只考虑刚性对接就行呀？ |
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tjegg
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2楼2010-01-09 20:26:17
3楼2010-01-11 09:14:13
bay__gulf
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在javacfish 的指导下学习了autodock 操作, 讲一下这里的问题, 还请大家指正. ============= 如何准备受体和配体文件？二者输入形式必须都是.pdb文件吗？ -------------- 允许的文件类型包括pdb,pdbqt,mol2等. 受体建议用pdb 文件, 配体的mol2 好准备些 ============= 是直接输入从蛋白网下载的受体.pdb文件吗？是在就能直接除水加氢处理呢？ --------------- 一般不行,还需要除水除盐等若干准备工作.对接用的是在水溶液而不是晶体中的结构. 而这些操作不是ADT 的强项, 可以使用chimera,sybyl,vmd,pymol等各种相关软件, 学会一两种即可, 功能有交叉, 不是每种都要学. ============= 还是看有的帖子说要用chimera准备受体？?是用chemdraw画药的结构，在通过chembiooffice转化成 3D结构输入吗？？ ----------- 同蛋白质的准备差不多, 只要能得到小分子的pdb或mol2 文件即可. 可以在zinc 数据库下载, 可以用chem3d,gview 等自己画. 能画出来就行, 什么软件画的不重要. ================ 看文献说受体和配体在sybyl软件里能直接处理，但是这个软件是不是只能在Linux系统下运行啊？，我们用的windows系统，有没有好的处理受体配体的方法啊？ -------- sybyl 也有win 版本, 但为了autodock 装一个sybyl 有点不值. 除非你要用它的别的功能 最好的辅助软件是ADT, 这是autodock 的原生软件. vmd 也不错. 2:如何准备autogrid的参数？ ---------- 了解体系大体结构(如分子体积等) 和这些参数的含义 ============== number of points in x ，y ，z-dimension 以及 x，y，z，-center 的值都该根据什么设定呀？ --------- xyz 看体系大小 number of points 看计算精度和计算资源间的权衡 center 看分子位置 =============== 3：如何寻找受体的作用点呀？蛋白质和药物对接，是不是一般只考虑刚性对接就行呀？ ---------- 小分子如果柔性键较多,就需要考虑柔性对接了;如果是刚性分子, 可以用刚性对接. 因为蛋白活性位点在内部, 且一般是刚性的, 用刚性处理即可. |
4楼2010-01-11 12:00:36
arthurii
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5楼2010-01-11 19:10:46
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tjegg
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bay__gulf
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10楼2010-01-13 10:30:32