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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】蛋白质和药物对接如何准备受体和配体文件？
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 1-14 10:11
引用回帖:
Originally posted by yhldf at 2010-1-13 09:57:
---------------
请问具体如何使用chimera软件做受体蛋白的准备工作呢？我们用chimera处理总有错误呢

呵呵，我的理解，Chimera只是一个很好的显示工具，毕竟它是免费的。。。
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
11楼2010-01-13 22:16:35
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xppcomeon

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引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-1-11 12:00:
在javacfish 的指导下学习了autodock 操作, 讲一下这里的问题, 还请大家指正.
=============
如何准备受体和配体文件？二者输入形式必须都是.pdb文件吗？
--------------
允许的文件类型包括pdb,pdbqt,mol2等 ...

请问您讲
“是直接输入从蛋白网下载的受体.pdb文件吗？是在就能直接除水加氢处理呢？
---------------
一般不行,还需要除水除盐等若干准备工作.对接用的是在水溶液而不是晶体中的结构.而这些操作不是ADT 的强项, 可以使用chimera,sybyl,vmd,pymol等各种相关软件, 学会一两种即可, 功能有交叉, 不是每种都要学.”
那么为什么要除水呢？记得在分子模拟时才需要加溶剂？？？
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12楼2010-01-14 11:03:21
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