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liujodan

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】关于Gaussian 中固定原子坐标,键长,的相关问题。

各位大侠,小弟现在又有一个简单的问题想问了。主要是关于在模型结构优化的时候固定原子的问题。
   小弟通过学习,知道想固定原子有这么几种方法。但是问题出现了。具体如下:
   方法1. 通过Gaussview 中的atom list editor 快捷按钮 的Freeze 数据设置为-1 来完成。
   方法2. 同样通过Gaussview中的 redundant coordinate editor 来设置,比如我要固定原子坐标,可以选择 Coordinate 中的Cartesian coordinate 和 Freeze coordinate。
   方法3. 将gjf文件的输入方式,改成Cartesian方式,将原子前边的0改写成-1.
(方法3估计有点问题,我没有亲自使用过)。
   
   我的问题出来:
   1. 通过方法1,2,我想我们应该能得到想要的、固定某些原子 的输入模型。但是这两种方法是相同的吗?都是将原子的坐标固定吗?
   如果你的回答是“是” 那么请问: 通过方法1的修改,我再去从产看redundant coordinate editor 中的设置时,为什么没有修改的数据?按道理来说,他们是相互连通的,为什么这里没有显示?
   2. 通过方法1.我经常是当设置好Freeze的数据时,保存模型gjf文件,当我再次用gv打开文件的时候,发现atom list editor 中Freeze的选项中,原来为-1的原子,现在不是-1 又变成了原来的0。这是怎么回事?

   谢谢大家的帮助,小弟感激不尽~ 感谢小木中这个科研平台~
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):这才是王道。gv有弊端 1-8 13:41
在准备输入文件时候, 应该试着放弃gview, 而是手工改写gjf 文件
4楼2010-01-06 21:31:13
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zpppanda111

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
这个以前有过帖子讨论这个问题,你找一下
2楼2010-01-06 20:06:31
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3867826

木虫 (著名写手)

标准 C -1   0.0 0.0 0.0 坐标+个 -1
或者部分优化 4 5 f 4 5为原子序号
拒稿,终于体会到了!乱写接受,认真写拒稿,这就是2和4的区别吗?
3楼2010-01-06 21:22:34
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