24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 437  |  回复: 3
当前主题已经存档。

dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】GMX如何定义并固定结构的几何重心假原子

想请教一下,我的结构在溶剂水中模拟,跑完MD后总跑到格子边缘,这样的结果是否可靠准确,另外我想通过定义并固定结构的几何重心假原子,防止结构再跑偏,GMX如何来实现!
回复此楼

» 猜你喜欢

Constanteffortscanyieldsuresuccess!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流! 1-5 15:24
个人建议:
1.盒子做大一点,防止周期边界造成的影响。
2.之于固定体系,非要做的话试一下constraint forces 的方法。
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-01-05 18:32:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

谢谢  我试试
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2010-01-06 16:28:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

我的盒子增大了过,但结构依然会跑出来,看看限制是否好使
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2010-01-06 16:36:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dolphin100 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 275求调剂 +4 1624447980 2026-04-08 5/250 2026-04-08 15:29 by 哦哦123
[考研] 材料工程322 +15 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-07 16/800 2026-04-08 11:20 by lijunpoly
[考研] 287求调剂 +6 Fnhc 2026-04-07 6/300 2026-04-08 10:05 by xingguangj
[考研] 求调剂求调剂 +12 121. 2026-04-02 12/600 2026-04-08 10:01 by barlinike
[考研] 电子信息270求调剂 +7 terminal469 2026-04-07 7/350 2026-04-08 08:48 by tt19890111
[考研] 专硕085403,291分,有两篇专利,一国一奖 +3 哈吉咪哈吉咪 2026-04-07 3/150 2026-04-07 18:21 by 蓝云思雨
[考研] 生物学363调剂求助 +7 fanzhang6666 2026-04-06 9/450 2026-04-07 17:37 by lijunpoly
[基金申请] 请问共同通讯和共同一作的认可度问题 10+5 psa1234 2026-04-01 11/550 2026-04-07 16:57 by caiqing
[考研] 0703调剂 +16 拾玖壹 2026-04-04 18/900 2026-04-07 12:49 by flydream1314
[考研] 312求调剂 +4 LR6 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:42 by jp9609
[考研] 285求调剂 +15 哦呦呼o 2026-04-04 17/850 2026-04-06 23:02 by chenzhimin
[考研] 复试调剂 +14 呼呼?~+123456 2026-04-05 14/700 2026-04-06 22:50 by chenzhimin
[考研] 272分求调剂 +4 wangyile2233 2026-04-02 4/200 2026-04-05 22:21 by 286640313
[考研] [调剂信息]085408光电信息 求调剂 总分291分数一英一 +3 iz11az 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:09 by 蓝云思雨
[考研] 286求调剂 +8 lim0922 2026-04-02 8/400 2026-04-03 20:19 by rzh123456
[考研] 071000生物学调剂 +8 知昭蔓 2026-04-02 8/400 2026-04-03 10:36 by macy2011
[考研] 材料考研调剂 +10 Gs大王 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:47 by 遗忘消失的灆
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:44 by yulian1987
[考研] 085600,320分求调剂 +6 大馋小子 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:54 by dongzh2009
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
信息提示
请填处理意见