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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】GMX如何定义并固定结构的几何重心假原子
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dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】GMX如何定义并固定结构的几何重心假原子

想请教一下，我的结构在溶剂水中模拟，跑完MD后总跑到格子边缘，这样的结果是否可靠准确，另外我想通过定义并固定结构的几何重心假原子，防止结构再跑偏，GMX如何来实现！
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
1楼 2010-01-05 13:09:53
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流！ 1-5 15:24
个人建议：
1.盒子做大一点，防止周期边界造成的影响。
2.之于固定体系，非要做的话试一下constraint forces 的方法。
赞一下(11人) 回复此楼
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-01-05 18:32:17
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dolphin100

木虫 (正式写手)
谢谢  我试试
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2010-01-06 16:28:58
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dolphin100

木虫 (正式写手)
我的盒子增大了过，但结构依然会跑出来，看看限制是否好使
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2010-01-06 16:36:41
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