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dolphin100

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】GMX如何定义并固定结构的几何重心假原子

想请教一下,我的结构在溶剂水中模拟,跑完MD后总跑到格子边缘,这样的结果是否可靠准确,另外我想通过定义并固定结构的几何重心假原子,防止结构再跑偏,GMX如何来实现!
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
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zhuhongaaa

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流! 1-5 15:24
个人建议:
1.盒子做大一点,防止周期边界造成的影响。
2.之于固定体系,非要做的话试一下constraint forces 的方法。
分子模拟的主页http://varmilion.tk/
2楼2010-01-05 18:32:17
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dolphin100

木虫 (正式写手)

谢谢  我试试
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2010-01-06 16:28:58
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dolphin100

木虫 (正式写手)

我的盒子增大了过,但结构依然会跑出来,看看限制是否好使
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2010-01-06 16:36:41
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