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金虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 小小豆豆 at 2010-1-5 10:28:
dntp的浓度是多少,一般用混合dntp时,加的量都较少,2微升太多了吧

我用的是2.5mM的,不算很多吧?
11楼2010-01-06 10:59:03
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金虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by tianpingpe at 2010-1-5 10:30:
1.检查你的模板有问题没有
2,引物设计是否合理
3.有没有阴性对照,如果有阳性对照更好,保证你的扩增体系没有问题

谢谢!

模板没有问题,扩别的基因能扩出来。

引物,理论上上检查不出有什么错误,由于该引物扩的是基因组非编码区,不知该怎么检测引物可不可以。大家有什么好的建议吗?

阴性对照当然什么也没有了。阳性对照,除了引物无法验证外,别的都没问题。
12楼2010-01-06 11:05:37
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金虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by jasco at 2010-1-5 10:35:
1.一连串10个G不会影响的,除非整个基因序列GC含量高(加GCbuffer)
2.退火温度是这么高么,根据引物设置,或者touchdown
3.延伸温度,很多pfu最佳延伸温度为68度,
4.延伸效率,一般酶都能做到1kb/min,所以2 ...

谢谢!

整个引物的退火温度是 74.2度,74.4度;
除去酶切位点及保护碱基后的退火温度是 59.1度,60.8度。

Pfu酶的扩增效率不是才600bp/min吗?2min是不是有点短?
13楼2010-01-06 11:10:12
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金虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by wangtengxu at 2010-1-5 11:47:
1.上图看看
2.一定要做阳性阴性对照(图)

谢谢!  是什么带都没有,有没有图都一样啦
14楼2010-01-06 11:11:33
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金虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by fungixx at 2010-1-5 11:51:
pfu扩增效率是有点低,也建议用taq plus,保真性挺好的扩增效率也挺高。不知道你的引物序列,很可能是退火温度不合适-----

引用回帖:
Originally posted by j2 at 2010-1-5 13:46:
同感,退火温度有点高~~~~

谢谢!再往低度摸索一下。
15楼2010-01-06 11:13:39
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金虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by runxiaoli at 2010-1-5 15:12:
你设计引物的Tm值是多少,设计的退火温度一般比它低5-10度。做不出来原因可能:模板不合适,或者引物不合适,建议一开始94度,5分钟,94度,45秒,60-64度,50秒。。。试试。希望楼主早日做出想要的结果,加油啦!

谢谢!

95度是不是对酶影响挺大的?
16楼2010-01-06 11:17:26
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金虫 (初入文坛)

继续求救!
17楼2010-01-07 16:13:21
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金虫 (初入文坛)

上面说错了,是

整个引物的Tm值是 74.2度,74.4度;
除去酶切位点及保护碱基后的Tm值是 59.1度,60.8度。
18楼2010-01-07 16:16:49
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金虫 (初入文坛)

继续求救!
19楼2010-01-08 09:21:01
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金虫 (初入文坛)

大家帮帮忙!
20楼2010-01-11 08:35:06
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