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beefly专家顾问 (职业作家)
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【原创】Gaussian的NBO有BUG，会导致错误的MO bond order
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做这样一个计算 # hf/3-21g nosymm pop=nboread test 0 1 f h 1 0.96 $nbo bndidx $end 得到MO bond order=1.1382 去掉nosymm，重复上面的计算，会得到错误结果MO bond order=-0.4741 这是由对称性错误导致的，使部分矩阵元的正负号发生了不应有的改变。 此问题出现在gaussian的各个版本中，包括产生的*.47文件。 |
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lihb734
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3楼2010-01-05 08:17:12
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不是对称性的原因，而是计算时分子取向的原因。 即使给了NOSYMM照样可能得出错误结果 （因为取决于你给定的分子取向） 试着计算下面两个输入文件： # hf/3-21g nosymm pop=nboread test 0 1 F 0. 0. 0. H 0. 0. 0.96 $nbo bndidx $end 和 # hf/3-21g nosymm pop=nboread test 0 1 F 0. 0. 0. H 0. 0. -0.96 $nbo bndidx $end 第一个给出正确的MO键级，第二个则给出那个错误值。这两个输入文件的分子轴正好反向。 回到lz的例子，不加nosymm时，gaussian会在计算前先自动调整分子取向为“Standard orientation”，这里就是： F 0.000000 0.000000 0.096000 H 0.000000 0.000000 -0.864000 这是因为，gaussian的标准取向是这样选取坐标原点的：(核电荷数*原子到坐标原点的距离)对所有原子的代数和为零。 因此，gaussian的标准取向正好是给出错误MO键级的取向，所以不加nosymm时，总会得到错误数值。 不管怎么样，这的确是个bug，值得注意。尤其是：即使加了nosymm也不能保证不会出错。 [ Last edited by neweroica on 2010-1-5 at 06:48 ] |
2楼2010-01-05 06:46:11
beefly
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