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beefly

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[交流] 【原创】Gaussian的NBO有BUG，会导致错误的MO bond order

做这样一个计算
# hf/3-21g nosymm pop=nboread

test

0 1
f
h 1 0.96

$nbo bndidx $end

得到MO bond order=1.1382

去掉nosymm，重复上面的计算，会得到错误结果MO bond order=-0.4741

这是由对称性错误导致的，使部分矩阵元的正负号发生了不应有的改变。

此问题出现在gaussian的各个版本中，包括产生的*.47文件。

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beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地

1楼 2010-01-05 05:02:27

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neweroica

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★
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引用回帖:

Originally posted by beefly at 2010-1-5 05:02:
做这样一个计算
# hf/3-21g nosymm pop=nboread

test

0 1
f
h 1 0.96

$nbo bndidx $end

得到MO bond order=1.1382

去掉nosymm，重复上面的计算，会得到错误结果MO bond order=-0.4741

这是由 ...

不是对称性的原因，而是计算时分子取向的原因。

即使给了NOSYMM照样可能得出错误结果（因为取决于你给定的分子取向）

试着计算下面两个输入文件：

# hf/3-21g nosymm pop=nboread

test

0 1
F 0. 0. 0.
H 0. 0. 0.96

$nbo bndidx $end

和

# hf/3-21g nosymm pop=nboread

test

0 1
F 0. 0. 0.
H 0. 0. -0.96

$nbo bndidx $end

第一个给出正确的MO键级，第二个则给出那个错误值。这两个输入文件的分子轴正好反向。

回到lz的例子，不加nosymm时，gaussian会在计算前先自动调整分子取向为“Standard orientation”，这里就是：
F 0.000000 0.000000 0.096000
H 0.000000 0.000000 -0.864000

这是因为，gaussian的标准取向是这样选取坐标原点的：(核电荷数*原子到坐标原点的距离)对所有原子的代数和为零。

因此，gaussian的标准取向正好是给出错误MO键级的取向，所以不加nosymm时，总会得到错误数值。

不管怎么样，这的确是个bug，值得注意。尤其是：即使加了nosymm也不能保证不会出错。

[ Last edited by neweroica on 2010-1-5 at 06:48 ]