| 查看: 562 | 回复: 4 | |||||
| 当前主题已经存档。 | |||||
beefly专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
|
[交流]
【原创】Gaussian的NBO有BUG，会导致错误的MO bond order
|
||||
|
做这样一个计算 # hf/3-21g nosymm pop=nboread test 0 1 f h 1 0.96 $nbo bndidx $end 得到MO bond order=1.1382 去掉nosymm，重复上面的计算，会得到错误结果MO bond order=-0.4741 这是由对称性错误导致的，使部分矩阵元的正负号发生了不应有的改变。 此问题出现在gaussian的各个版本中，包括产生的*.47文件。 |
回复此楼» 猜你喜欢
比利时鲁汶大学与国家留学基金委共同资助博士研究生CSC-KU Leuven PhD Scholarship
已经有0人回复
-
[电子教材]天津大学物理化学（第七版）上、下册
已经有3人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有201人回复
-
阴离子交换膜电解二氧化碳还原
已经有0人回复
-
伦敦大学学院Benjamin Moss博士招收人工智能、原位光谱、催化相关26年博士生
已经有11人回复
-
分子动力学模拟合作需求
已经有2人回复
-
中国科学院成都山地灾害与环境研究所2026年特别研究助理（博士后）招聘启事
已经有0人回复
-
九江学院2026年最新高层次人才招聘公告
已经有0人回复
-
深圳信息职业技术学院2026年教师招聘公告（最新）
已经有0人回复
-
研究生招生
已经有0人回复
neweroica
木虫 (著名写手)
- 应助: 53 (初中生)
- 金币: 5027.5
- 散金: 301
- 红花: 31
- 帖子: 2489
- 在线: 217.1小时
- 虫号: 36775
- 注册: 2004-02-11
- 专业: 理论和计算化学
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
|
不是对称性的原因，而是计算时分子取向的原因。 即使给了NOSYMM照样可能得出错误结果 （因为取决于你给定的分子取向） 试着计算下面两个输入文件： # hf/3-21g nosymm pop=nboread test 0 1 F 0. 0. 0. H 0. 0. 0.96 $nbo bndidx $end 和 # hf/3-21g nosymm pop=nboread test 0 1 F 0. 0. 0. H 0. 0. -0.96 $nbo bndidx $end 第一个给出正确的MO键级，第二个则给出那个错误值。这两个输入文件的分子轴正好反向。 回到lz的例子，不加nosymm时，gaussian会在计算前先自动调整分子取向为“Standard orientation”，这里就是： F 0.000000 0.000000 0.096000 H 0.000000 0.000000 -0.864000 这是因为，gaussian的标准取向是这样选取坐标原点的：(核电荷数*原子到坐标原点的距离)对所有原子的代数和为零。 因此，gaussian的标准取向正好是给出错误MO键级的取向，所以不加nosymm时，总会得到错误数值。 不管怎么样，这的确是个bug，值得注意。尤其是：即使加了nosymm也不能保证不会出错。 [ Last edited by neweroica on 2010-1-5 at 06:48 ] |
2楼2010-01-05 06:46:11
lihb734
铁杆木虫 (职业作家)
站在计算化学入门的门槛上
- QC强帖: 2
- 应助: 132 (高中生)
- 金币: 7495.4
- 散金: 9378
- 红花: 74
- 帖子: 3107
- 在线: 1177.3小时
- 虫号: 448403
- 注册: 2007-11-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
3楼2010-01-05 08:17:12
zhou2009
版主 (著名写手)
- QC强帖: 15
- 应助: 337 (大学生)
- 贵宾: 4.053
- 金币: 42654.6
- 红花: 153
- 帖子: 1729
- 在线: 1274.7小时
- 虫号: 676800
- 注册: 2008-12-18
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 量子化学
4楼2010-01-05 10:07:59
beefly
专家顾问 (职业作家)
地沟油冶炼专家
-
专家经验: +458 - QC强帖: 12
- 应助: 88 (初中生)
- 金币: 12987.7
- 散金: 27307
- 红花: 300
- 帖子: 4672
- 在线: 926.9小时
- 虫号: 408372
- 注册: 2007-06-21
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 计算模拟
5楼2010-01-05 12:04:24
